Tradițiile orale ale tuturor popoarelor nilotice din Africa de Est se referă la origini nordice. Există un consens între istorici și lingviști că niloții de câmpie și de munte au migrat dintr-o regiune situată în apropierea graniței sudice a Etiopiei și Sudanului cu puțin timp înainte de începutul Erei Creștine și s-au separat în comunități distincte la scurt timp după aceea. Ehret (1971) consideră că pre-Kalenjinulcare erau deja crescători de vite și aveau seturi de vârstă trăiau în munții muntoși din vestul Kenyei acum 2.000 de ani. Probabil că acești oameni au absorbit alte populații care trăiau deja în regiune. De la o perioadă de timp după anul 500 d.Hr. și până în jurul anului 1600 d.Hr., se pare că a existat o serie de migrații spre est și spre sud din apropierea Muntelui Elgon. Migrațiile au fost complexe și există teorii concurentedespre detaliile lor.

Nandi și Kipsigis, ca răspuns la expansiunea Maasai, au împrumutat de la Maasai unele dintre trăsăturile care îi disting de ceilalți Kalenjin: dependența economică pe scară largă de creșterea turmelor, organizarea militară și raidurile agresive asupra vitelor, precum și conducerea politico-religioasă centralizată. Familia care a înființat funcția de orkoiyot (războinic/diviner), atât printre Nandi, cât și printre Kipsigis, au fost imigranții Maasai din secolul al XIX-lea. Până în 1800, atât Nandi, cât și Kipsigis s-au extins în detrimentul Maasai. Acest proces a fost oprit în 1905 prin impunerea regimului colonial britanic.

În timpul epocii coloniale au fost introduse noi culturi/tehnici și o economie monetară (bărbații Kalenjin au fost plătiți pentru serviciul militar încă din Primul Război Mondial); au început convertirile la creștinism (Kalenjin a fost prima limbă vernaculară din Africa de Est care a avut o traducere a Bibliei). A apărut conștiința unei identități comune Kalenjin pentru a facilita acțiunea ca grup de interese politice în timpul și în timpuldupă cel de-al Doilea Război Mondial - din punct de vedere istoric, Nandi și Kipsigis au făcut raiduri asupra altor Kalenjin, precum și asupra Maasai, Gusii, Luyia și Luo. Se spune că numele "Kalenjin" provine de la un prezentator de radio care folosea adesea această expresie (însemnând "vă spun"). În mod similar, "Sabaot" este un termen modern folosit pentru a desemna acele subgrupuri Kalenjin care folosesc "Subai" ca salut. Nandi și Kipsigis au fost primii beneficiari ai unor ajutoare individualetitluri de proprietate asupra terenurilor (1954), cu exploatații mari pentru standardele africane, datorită densității reduse a populației din punct de vedere istoric. Schemele de dezvoltare economică au fost promovate pe măsură ce se apropia independența (1964), iar după aceea mulți Kalenjin din zonele mai aglomerate s-au reinstalat în ferme din fostele White Highlands de lângă Kitale. Astăzi, Kalenjin se numără printre cele mai prospere grupuri etnice din Kenya. Al doilea grup etnic din Kenyapreședinte, Daniel arap Moi, este un Tugen.