Tradisi lisan dari semua orang Nilotic di Afrika Timur merujuk pada asal-usul utara. Ada konsensus di antara para sejarawan dan ahli bahasa bahwa Nilote Dataran Rendah dan Dataran Tinggi bermigrasi dari sebuah wilayah di dekat perbatasan selatan Ethiopia dan Sudan tak lama sebelum dimulainya Era Kristiani dan berpencar ke dalam komunitas-komunitas yang terpisah tak lama kemudian. Ehret (1971) meyakini bahwa pra-Kalenjinyang sudah menjadi pemelihara ternak dan memiliki kelompok umur tinggal di dataran tinggi Kenya barat 2.000 tahun yang lalu. Agaknya, orang-orang ini menyerap populasi lain yang sudah tinggal di wilayah tersebut. Dari beberapa waktu setelah tahun 500 M hingga sekitar tahun 1600 M, tampaknya ada serangkaian migrasi ke arah timur dan selatan dari dekat Gunung Elgon. Migrasi ini sangat kompleks, dan ada beberapa teori yang saling bersaingtentang detail mereka.

Orang Nandi dan Kipsigis, dalam menanggapi ekspansi Maasai, meminjam dari Maasai beberapa ciri yang membedakan mereka dari Kalenjin lain: ketergantungan ekonomi skala besar pada penggembalaan, organisasi militer dan perampokan ternak yang agresif, dan kepemimpinan agama-politik yang tersentralisasi. Keluarga yang mendirikan kantor orkoiyot (panglima perang/peramal) di antara Nandi dan Kipsigis adalah imigran Maasai abad ke-19. Pada tahun 1800, baik Nandi maupun Kipsigis melakukan ekspansi dengan mengorbankan Maasai. Proses ini terhenti pada tahun 1905 oleh pemberlakuan pemerintahan kolonial Inggris.

Diperkenalkan selama era kolonial adalah tanaman/teknik baru dan ekonomi tunai (pria Kalenjin dibayar upah untuk dinas militer mereka pada awal Perang Dunia I); konversi ke agama Kristen dimulai (Kalenjin adalah bahasa daerah Afrika Timur pertama yang memiliki terjemahan Alkitab). Kesadaran akan identitas Kalenjin yang sama muncul untuk memfasilitasi tindakan sebagai kelompok kepentingan politik selama dan setelah Perang Dunia I.Setelah Perang Dunia II - menurut sejarah, Nandi dan Kipsigis menyerbu Kalenjin lain seperti halnya Maasai, Gusii, Luyia, dan Luo. Nama "Kalenjin" konon berasal dari penyiar radio yang sering menggunakan frasa tersebut (yang berarti "Saya katakan"). Demikian pula, "Sabaot" adalah istilah modern yang digunakan untuk menyebut subkelompok Kalenjin yang menggunakan "Subai" sebagai sapaan. Nandi dan Kipsigis merupakan penerima pertama dariMereka memiliki sertifikat tanah (1954), dengan kepemilikan yang besar menurut standar Afrika karena kepadatan penduduk mereka yang secara historis rendah. Skema pembangunan ekonomi dipromosikan saat kemerdekaan (1964) semakin dekat, dan setelah itu banyak orang Kalenjin dari daerah yang lebih padat bermukim di pertanian di bekas Dataran Tinggi Putih di dekat Kitale. Orang Kalenjin saat ini termasuk di antara kelompok-kelompok etnis yang paling makmur di Kenya. Kenya yang keduapresiden, Daniel Arap Moi, adalah seorang Tugen.