Tidak dapat dipastikan apakah penutur bahasa Emberá dan Wounaan hidup di Amerika Tengah pada masa pra-Hispanik. Wilayah Darién di Panama timur merupakan wilayah Kuna antara akhir abad ke-16 dan abad ke-18. Di sanalah orang Spanyol mendirikan El Real pada tahun 1600 untuk melindungi rute hulu dari tambang emas Cana, yang dulunya dilaporkan sebagai yang terkaya di Amerika. Benteng lainnya adalahPada tahun 1638, misionaris Fray Adrián de Santo Tomás membantu mengaglomerasi keluarga-keluarga Kuna yang terpencar ke dalam desa-desa di Pinogana, Capetí, dan Yaviza. Suku Kuna menolak tuntutan Spanyol agar mereka bekerja di pertambangan dan bertempur, terkadang bersama bajak laut, untuk menghancurkan pemukiman-pemukiman misi pada tahun 1700-an.Orang-orang Spanyol mengerahkan "Chocó" (dengan sumpitan yang ditakuti) dan tentara bayaran berkulit hitam dalam serangan balasan; suku Kuna terdesak ke pedalaman Darién dan memulai migrasi bersejarah mereka menyeberangi pembelahan benua menuju pesisir pantai San Blas. Akibatnya, upaya kolonisasi gagal, dan orang-orang Spanyol membongkar benteng-benteng mereka serta meninggalkan wilayah tersebut pada akhir abad ke-18.

Suku Emberá mulai bermukim di Darién pada akhir abad ke-18, dan pada awal tahun 1900-an telah menduduki sebagian besar daerah aliran sungai. Beberapa orang Eropa akhirnya bermukim di sana, membentuk kota-kota baru, yang kini didominasi oleh orang kulit hitam yang berbahasa Spanyol. Suku Emberá bermukim di luar kota ini dan dua daerah Kuna yang tersisa. Suku Emberá ditemukan hingga ke arah barat sampai ke drainase kanal pada tahun 1950-an. Keluarga-keluarga Wounaantelah memasuki Panama selama tahun 1940-an.

Kehidupan Emberá dan Wounaan berubah secara dramatis di Panama pada pertengahan abad ke-20. Keinginan akan produk-produk Barat membawa mereka ke dalam ekonomi tunai. Mereka berdagang dengan para pebisnis kulit hitam berbahasa Spanyol, menukarkan hasil bumi dan hasil hutan dengan uang tunai. Di antara ratusan barang produksi yang kini menjadi barang penting adalah parang, kapak, periuk, senapan, peluru, dan kain. Organisasi desaPara tetua Emberá mengajukan petisi kepada pemerintah nasional untuk menyediakan guru bagi sektor-sektor sungai mereka, dan sekolah-sekolah didirikan di Pulida, Río Tupisa, pada tahun 1953 dan di Naranjal, Río Chico, pada tahun 1956. Pada mulanya, "desa-desa" hanya berupa beberapa rumah tangga yang mengelompok di sekitar gedung-gedung sekolah yang beratap ilalang. Kegiatan misionaris yang berkelanjutan dimulai pada waktu yang hampir bersamaan.Mennonite, yang disponsori oleh Kementerian Pendidikan Panama, memulai sebuah program melek huruf yang dirancang untuk merekam bahasa Emberá dan Wounaan sehingga dapat menghasilkan terjemahan materi-materi keagamaan yang dapat digunakan untuk mengajar orang-orang Indian. Keluarga-keluarga Indian mengelompok di sekitar rumah-rumah misionaris di Lucas pada tahun 1954 dan El Mamey di Río Jaqué pada tahun 1956. Tiga "desa sekolah" dan tiga "desa misi" berdiri pada tahun 1960.

Seorang petualang filantropis, Harold Baker Fernandez (dijuluki "Peru"), yang mulai tinggal bersama Emberá pada tahun 1963, mengadopsi cara-cara Emberá dan Wounaan, mempelajari budaya mereka dari sudut pandang orang dalam, dan mengajari mereka tentang cara mendapatkan hak atas tanah. Dia menyarankan mereka bahwa dengan membentuk desa, mereka dapat mengajukan petisi kepada pemerintah untuk mendapatkan guru, sekolah, dan pasokan medis.kontrol teritorial, dia mengatakan kepada mereka, mereka mungkin mendapatkan comarca, atau distrik politik semi otonom, seperti yang dimiliki suku Kuna, yang menjamin hak-hak adat atas tanah dan sumber daya. Sebuah "model desa", dengan sebuah gedung sekolah, asrama guru, aula pertemuan, dan toko desa di antara rumah-rumah beratap ilalang, tersebar di seluruh Darién; pada tahun 1968, terdapat dua belas desa Emberá. Pemerintah Jenderal Omar Torrijos mendukung inisiatif-inisiatif tersebut, yang mendorong orang Indian untukmenentukan struktur politik mereka sendiri. Seorang kepala suku Kuna yang ditunjuk ( cacique ) memperkenalkan model politik Kuna ( caciquismo Delapan belas desa lainnya dibentuk selama dua tahun berikutnya, dan pada tahun 1970, Darién Emberá dan Wounaan secara resmi mengadopsi organisasi politik baru yang memiliki kepala suku, kongres, dan pemimpin desa, yang berpola seperti sistem Kuna. Pada tahun 1980, lima puluh desa telah terbentuk di Darién dan desa-desa lainnya berkembang ke arah Panama tengah.

Emberá dan Wounaan menerima status comarca pada tahun 1983. Comarca Emberá - yang secara lokal disebut "Emberá Drua" - terdiri dari dua distrik terpisah di Darién, Sambú, dan Cemaco yang mencakup 4.180 kilometer persegi di cekungan Sambú dan Chucunaque-Tuira. Beberapa orang kulit hitam yang berbicara bahasa Spanyol masih ada, tetapi hanya satu kota kecil non-India yang berada di distrik ini. Saat ini, Emberá Drua memiliki empat puluh desa dan lebih dari 8.000penduduk asli (83 persen Emberá, 16 persen Wounaan, dan 1 persen lainnya).