Non è certo che le lingue Emberá e Wounaan vivessero in America Centrale in epoca preispanica. La regione del Darién, nella parte orientale di Panama, era territorio Kuna tra la fine del XVI secolo e il XVIII secolo. È qui che gli spagnoli stabilirono El Real nel 1600 per proteggere la via di risalita delle miniere d'oro di Cana, che un tempo si diceva fossero le più ricche delle Americhe. Un altro forte eraNel 1638 il missionario Fray Adrián de Santo Tomás aiutò ad agglomerare le famiglie Kuna disperse in villaggi a Pinogana, Capetí e Yaviza. I Kuna resistettero alle richieste spagnole di lavorare nelle operazioni minerarie e combatterono, a volte a fianco dei pirati, per distruggere gli insediamenti delle missioni durante il 1700.Gli spagnoli arruolarono nella controffensiva i "Chocó" (con le loro temute cerbottane) e i mercenari neri; i Kuna furono spinti nelle zone retrostanti del Darién e iniziarono la loro storica migrazione attraverso il divario continentale verso la costa di San Blas. Di conseguenza, lo sforzo di colonizzazione fallì e gli spagnoli smantellarono i loro forti e lasciarono la regione alla fine del XVIII secolo.

Gli Emberá iniziarono ad insediarsi nel Darién alla fine del XVIII secolo e all'inizio del 1900 avevano occupato la maggior parte dei bacini fluviali. Alcuni europei vi si stabilirono, formando nuove città, oggi dominate da neri di lingua spagnola. Gli Emberá si stabilirono lontano da queste città e dalle due aree Kuna rimanenti. Negli anni '50 gli Emberá si trovavano ad ovest, fino al canale di drenaggio. Famiglie Wounaanerano entrati a Panama negli anni '40.

A metà del XX secolo la vita degli Emberá e dei Wounaan è cambiata radicalmente a Panama. Il desiderio di prodotti occidentali li ha portati ad avere un'economia basata sul denaro. Commerciavano con uomini d'affari neri di lingua spagnola, scambiando colture e prodotti della foresta in cambio di denaro. Tra le centinaia di manufatti ora importanti ci sono machete, teste d'ascia, pentole e padelle, fucili, proiettili e stoffe. Organizzazione del villaggioGli anziani Emberá fecero una petizione al governo nazionale affinché fornisse insegnanti per i loro settori fluviali e furono istituite scuole a Pulida, nel Río Tupisa, nel 1953 e a Naranjal, nel Río Chico, nel 1956. Inizialmente, i "villaggi" erano semplicemente poche famiglie raggruppate intorno a case scolastiche con il tetto di paglia. L'attività missionaria sostenuta iniziò circa nello stesso periodo.I mennoniti, sponsorizzati dal Ministero dell'Istruzione di Panama, iniziarono un programma di alfabetizzazione volto a registrare le lingue Emberá e Wounaan per produrre traduzioni di materiale religioso con cui insegnare agli indiani. Le famiglie indiane si raggrupparono intorno alle case dei missionari a Lucas nel 1954 e a El Mamey sul Río Jaqué nel 1956. Nel 1960 esistevano tre "villaggi scuola" e tre "villaggi missione".

Un filantropo avventuriero, Harold Baker Fernandez (soprannominato "Perù"), che iniziò a vivere con gli Emberá nel 1963, adottò i modi di fare degli Emberá e dei Wounaan, imparò la loro cultura da un punto di vista interno e insegnò loro a garantire i diritti sulla terra. Consigliò loro che, formando dei villaggi, avrebbero potuto presentare una petizione al governo per ottenere insegnanti, scuole e forniture mediche. Attraverso una più efficacecontrollo del territorio, disse loro, avrebbero potuto ottenere una comarca, o distretto politico semiautonomo, come quello dei Kuna, garantendo i diritti degli indigeni sulla terra e sulle risorse. Un "modello di villaggio", con una scuola, un dormitorio per gli insegnanti, una sala riunioni e un negozio del villaggio tra le case con il tetto di paglia, si diffuse in tutto il Darién; nel 1968 c'erano dodici villaggi Emberá. Il governo del generale Omar Torrijos appoggiò queste iniziative, che incoraggiarono gli indiani aUn capo Kuna nominato ( cacique ) ha introdotto il modello politico Kuna ( caciquismo Nei due anni successivi si formarono altri diciotto villaggi e nel 1970 gli Emberá e i Wounaan del Darién adottarono formalmente una nuova organizzazione politica che prevedeva capi, congressi e leader di villaggio, sul modello del sistema Kuna. Nel 1980 si erano formati cinquanta villaggi nel Darién e altri si erano sviluppati in direzione del Panama centrale.

Gli Emberá e i Wounaan hanno ottenuto lo status di comarca nel 1983. La comarca Emberá - chiamata localmente "Emberá Drua" - è costituita da due distretti separati in Darién, Sambú e Cemaco che coprono 4.180 chilometri quadrati dei bacini di Sambú e Chucunaque-Tuira. Sono rimasti alcuni neri di lingua spagnola, ma solo una piccola città non indiana si trova all'interno del distretto. Oggi l'Emberá Drua ha quaranta villaggi e oltre 8.000 abitanti.abitanti indigeni (83% Emberá, 16% Wounaan e 1% altri).