Nie je isté, či v Strednej Amerike v predšpanielskom období žili emberské a wounaanské nárečia. Oblasť Darién vo východnej Paname bola od konca 16. do 18. storočia územím Kuna. V roku 1600 tam Španieli založili pevnosť El Real, aby chránili hornú riečnu cestu zo zlatých baní Cana, ktoré boli kedysi údajne najbohatšie v Amerike.V roku 1638 pomohol misionár Fray Adrián de Santo Tomás spojiť rozptýlené kunaiské rodiny do dedín v Pinogane, Capetí a Yavize. Kunaovia sa bránili španielskym požiadavkám, aby pracovali v baníctve, a v roku 1700 bojovali, niekedy spolu s pirátmi, za zničenie misijných osád.Španieli zapojili do protiofenzívy "Chocó" (s ich obávanými fúkačkami) a černošských žoldnierov; Kuna boli zatlačení do zadných oblastí Dariénu a začali svoju historickú migráciu cez kontinentálne rozvodie na pobrežie San Blas. Výsledkom bolo, že kolonizačné úsilie zlyhalo a Španieli koncom 18. storočia rozobrali svoje pevnosti a opustili región.

Emberá začali osídľovať Darién koncom 18. storočia a začiatkom 20. storočia obsadili väčšinu povodia rieky. Niektorí Európania sa tam nakoniec presídlili a vytvorili nové mestá, v ktorých dnes prevládajú španielsky hovoriaci černosi. Emberá sa usadili ďaleko od týchto miest a dvoch zvyšných oblastí Kuna. V 50. rokoch 20. storočia sa Emberá nachádzali až na západe po odvodňovací kanál. Rodiny Wounaanvstúpil do Panamy v 40. rokoch 20. storočia.

Život Emberá a Wounaov sa v Paname v polovici 20. storočia dramaticky zmenil. Túžba po západných výrobkoch ich priviedla k peňažnému hospodárstvu. Obchodovali s černošskými, španielsky hovoriacimi obchodníkmi a vymieňali plodiny a lesné produkty za hotovosť. Medzi stovkami vyrábaných tovarov sú teraz dôležité mačety, hlavice sekier, hrnce a panvice, pušky, náboje a látky.Starší Emberá požiadali národnú vládu, aby zabezpečila učiteľov pre ich riečne sektory, a školy boli založené v Pulide, Río Tupisa, v roku 1953 a v Naranjal, Río Chico, v roku 1956. Spočiatku boli "dediny" len niekoľko domácností zoskupených okolo školských budov so slamenými strechami.čas. Mennoniti, sponzorovaní panamským ministerstvom školstva, začali program gramotnosti, ktorého cieľom bolo zaznamenať jazyky Emberá a Wounaan, aby sa vytvorili preklady náboženských materiálov, pomocou ktorých by sa mohli Indiáni učiť. Indiánske rodiny sa zoskupili okolo misionárskych domov v Lucas v roku 1954 a El Mamey na Río Jaqué v roku 1956. V roku 1960 existovali tri "školské dediny" a tri "misijné dediny".

Dobrodruh Harold Baker Fernandez (prezývaný "Peru"), ktorý začal žiť s Emberami v roku 1963, si osvojil ich zvyky, spoznal ich kultúru z pohľadu zasväteného človeka a naučil ich, ako si zabezpečiť práva na pôdu. Poradil im, že vytvorením dedín môžu požiadať vládu o učiteľov, školy a zdravotnícke potreby.územnú kontrolu, povedal im, že by mohli získať comarca, alebo poloautonómny politický okres, ako mali Kuna, ktorý zaručoval domorodým obyvateľom práva na pôdu a zdroje. "Model dediny" so školou, učiteľským internátom, zhromažďovacou sieňou a dedinským obchodom uprostred domov so slamenými strechami sa rozšíril po celom Dariéne; do roku 1968 existovalo dvanásť dedín Emberá. Vláda generála Omara Torrijosa podporovala tieto iniciatívy, ktoré povzbudzovali Indiánov, abydefinujú vlastnú politickú štruktúru. Menovaný náčelník kmeňa Kuna ( cacique ) zaviedol politický model Kuna ( caciquismo V priebehu nasledujúcich dvoch rokov vzniklo ďalších osemnásť dedín a v roku 1970 Emberá a Wounaan v Dariéne formálne prijali novú politickú organizáciu, ktorá zahŕňala náčelníkov, kongresy a vodcov dedín podľa vzoru systému Kuna. Do roku 1980 vzniklo v Dariéne päťdesiat dedín a ďalšie sa rozvíjali smerom do centrálnej Panamy.

Emberá a Wounaan získali štatút comarca v roku 1983. Comarca Emberá - miestne nazývaná "Emberá Drua" - pozostáva z dvoch samostatných okresov Darién, Sambú a Cemaco, ktoré sa rozprestierajú na 4 180 km2 v povodí riek Sambú a Chucunaque-Tuira. V okrese zostalo niekoľko španielsky hovoriacich černochov, ale nachádza sa v ňom len jedno malé neindiánske mesto. Dnes má Emberá Drua štyridsať dedín a viac ako 8 000pôvodných obyvateľov (83 % Emberá, 16 % Wounaan a 1 % iných).