Mae'n ansicr a oedd siaradwyr Emberá a Wounaan yn byw yng Nghanolbarth America yn ystod y cyfnod cyn-Sbaenaidd. Roedd rhanbarth Darién yn nwyrain Panama yn diriogaeth Kuna rhwng diwedd yr unfed ganrif ar bymtheg a'r ddeunawfed ganrif. Yno y sefydlodd y Sbaenwyr El Real ym 1600 i amddiffyn y llwybr i fyny'r afon rhag mwyngloddiau aur Cana, a oedd unwaith y cyfoethocaf yn America yn ôl pob sôn. Adeiladwyd caer arall ger ceg y Río Sabanas a datblygodd aneddiadau bach llewyr-gloddio mewn mannau eraill. Yn 1638 bu'r cenhadwr Fray Adrián de Santo Tomás yn helpu crynhoad i wasgaru teuluoedd Kuna i bentrefi yn Pinogana, Capetí, a Yaviza. Gwrthwynebodd y Kuna ofynion Sbaen eu bod yn gweithio mewn gweithrediadau mwyngloddio ac ymladd, weithiau ochr yn ochr â môr-ladron, i ddinistrio aneddiadau cenhadol yn ystod y 1700au. Ymrestrodd yr Yspaeniaid "Chocó" (gyda'u drylliau ofnus) a milwyr Duon yn y gwrthladd ; Gwthiwyd y Kuna i gefndiroedd Darién a dechreuodd eu mudo hanesyddol ar draws y rhaniad cyfandirol i arfordir San Blas. O ganlyniad, methodd yr ymdrech gwladychu, a dymchwelodd y Sbaenwyr eu caerau a gadael y rhanbarth ar ddiwedd y ddeunawfed ganrif.

Dechreuodd Emberá ymgartrefu yn Darién ar ddiwedd y ddeunawfed ganrif, ac erbyn dechrau'r 1900au roedd wedi meddiannu'r rhan fwyaf o'r basnau afonydd. Ymgartrefodd rhai Ewropeaid yno yn y pen draw, gan ffurfio trefi newydd, sydd bellach yn cael eu dominyddu ganDuon sy'n siarad Sbaeneg. Ymsefydlodd yr Emberá i ffwrdd o'r trefi hyn a'r ddwy ardal Kuna sy'n weddill. Darganfuwyd Emberá mor bell i'r gorllewin â draeniad y gamlas erbyn y 1950au. Roedd teuluoedd Wounaan wedi dod i mewn i Panama yn ystod y 1940au.

Newidiodd bywyd Emberá a Wounaan yn aruthrol yn Panama yng nghanol yr ugeinfed ganrif. Daeth awydd am gynhyrchion y Gorllewin â nhw i economïau arian parod. Roeddent yn masnachu gyda dynion busnes Du, Sbaeneg eu hiaith, gan gyfnewid cnydau a chynhyrchion coedwig am arian parod. Ymhlith y cannoedd o nwyddau gweithgynhyrchu sydd bellach yn bwysig mae machetes, pennau bwyell, potiau a sosbenni, reifflau, bwledi, a brethyn. Deilliodd trefniadaeth pentrefi o'r angen i siarad Sbaeneg gyda'r dieithriaid hyn. Deisebodd henuriaid Emberá y llywodraeth genedlaethol i ddarparu athrawon ar gyfer eu sectorau afonol, a sefydlwyd ysgolion yn Pulida, Río Tupisa, yn 1953 ac yn Naranjal, Río Chico, ym 1956. I ddechrau, ychydig o gartrefi oedd "pentrefi" wedi'u clystyru o amgylch to gwellt. ysgoldai to. Dechreuodd gweithgaredd cenhadol parhaus tua'r un amser. Dechreuodd Mennonites, a noddir gan Weinyddiaeth Addysg Panama, raglen lythrennedd a luniwyd i gofnodi'r ieithoedd Emberá a Wounaan er mwyn cynhyrchu cyfieithiadau o ddeunyddiau crefyddol i ddysgu'r Indiaid â nhw. Teuluoedd Indiaidd wedi'u grwpio o amgylch cartrefi cenhadol yn Lucas yn 1954 ac El Mamey ar y Río Jaqué ym 1956. Tri "phentref ysgol" a thri "chenhadaethpentrefi" yn bodoli ym 1960.

Anturiaethwr dyngarol, Harold Baker Fernandez (a elwid yn "Periw"), a ddechreuodd fyw gyda'r Emberá yn 1963, a fabwysiadodd ffyrdd Emberá a Wounaan, a dysgodd eu diwylliant o safbwynt mewnolwr, a dysgodd hwynt am sicrhau hawliau tir.Cynghorodd hwynt y gallent, trwy ffurfio pentrefydd, ddeisebu y llywodraeth am athrawon, ysgolion, a chyflenwadau meddygol.Trwy reolaeth diriogaethol fwy effeithiol, dywedodd wrthynt, y gallent gael comarca, neu ardal wleidyddol lled-ymreolaethol, fel yr oedd gan y Kuna, yn gwarantu hawliau brodorol i dir ac adnoddau, "model pentref," gydag ysgoldy, ystafell gysgu athro, neuadd cyfarfod, a storfa bentref yng nghanol tai to gwellt, gwasgaredig ar draws Darién; Roedd deuddeg o bentrefi Emberá yn 1968. Roedd llywodraeth y Cadfridog Omar Torrijos yn cefnogi'r mentrau hyn, a oedd yn annog yr Indiaid i ddiffinio eu strwythur gwleidyddol eu hunain.Cyflwynodd pennaeth Kuna penodedig ( cacique ) fodel gwleidyddol Kuna ( )> caciquismo ) fel y penaethiaid cyntaf a ddewiswyd. Ffurfiwyd deunaw o bentrefi ychwanegol dros y ddwy flynedd nesaf, ac yn 1970 mabwysiadodd y Darién Emberá a Wounaan sefydliad gwleidyddol newydd yn ffurfiol a oedd yn cynnwys penaethiaid, cyngresau, ac arweinwyr pentrefi, wedi'i batrwm ar ôl system Kuna. Erbyn 1980, roedd hanner cant o bentrefi wedi'u ffurfio yn Darién a datblygodd eraill i gyfeiriadganolog Panama.

Derbyniodd yr Emberá a'r Wounaan statws comarca yn 1983. Mae'r Comarca Emberá - a elwir yn lleol yn "Emberá Drua" - yn cynnwys dwy ardal ar wahân yn Darién, Sambú, a Cemaco sy'n gorchuddio 4,180 cilomedr sgwâr o'r Sambú a'r Chucunaque- basnau Tuira. Mae rhai Duon sy'n siarad Sbaeneg yn parhau, ond dim ond un dref fach nad yw'n Indiaidd sydd yn yr ardal. Heddiw mae gan Emberá Drua ddeugain o bentrefi a dros 8,000 o drigolion brodorol (83 y cant Emberá, 16 y cant Wounaan, ac 1 y cant arall).