Non se sabe se os falantes de Emberá e Wounaan viviron en Centroamérica durante a época prehispánica. A rexión de Darién, no leste de Panamá, foi territorio kuna entre finais do século XVI e o XVIII. Foi alí onde os españois estableceron El Real en 1600 para protexer a ruta río arriba das minas de ouro de Caná, unha vez as máis ricas de América. Outro castro construíuse preto da desembocadura do río Sabanas e noutros lugares desenvolvéronse pequenos asentamentos mineiros de placer. En 1638 o misioneiro Frei Adrián de Santo Tomás axudou a aglomerar as familias Kuna dispersas nas aldeas de Pinogana, Capetí e Yaviza. Os kunas resistiron as demandas españolas de que traballasen nas operacións mineiras e loitaron, ás veces xunto aos piratas, para destruír os asentamentos da misión durante o século XVII. Os españois enrolaron a "Chocó" (coas súas temidas cerbatanas) e mercenarios negros na contraofensiva; os kuna foron empuxados cara ás terras do Darién e comezaron a súa histórica migración a través da división continental ata a costa de San Blas. Como resultado, o esforzo de colonización fracasou e os españois desmantelaron os seus castros e abandonaron a rexión a finais do século XVIII.

Emberá comezou a asentarse en Darién a finais do século XVIII, e a principios do século XX ocupara a maior parte das concas fluviais. Algúns europeos finalmente reinstaláronse alí, formando novas cidades, que agora están dominadas porNegros de fala hispana. Os Emberá asentáronse lonxe destas cidades e das dúas áreas Kuna restantes. Emberá foron atopados ata o oeste ata a drenaxe da canle na década de 1950. As familias Wounaan entraran en Panamá durante a década de 1940.

A vida de Emberá e Wounaan cambiou drasticamente en Panamá durante mediados do século XX. O desexo dos produtos occidentais levounos a economías monetarias. Comerciaban con empresarios negros e hispanofalantes, intercambiando colleitas e produtos forestais por diñeiro. Entre os centos de produtos manufacturados que agora son importantes atópanse machetes, cabezas de machado, potas e tixolas, rifles, balas e teas. A organización da aldea xurdiu da necesidade de falar castelán con estes forasteiros. Os anciáns de Emberá solicitaron ao goberno nacional que fornece profesores para os seus sectores fluviais, e as escolas foron establecidas en Pulida, Río Tupisa, en 1953 e en Naranjal, Río Chico, en 1956. Inicialmente, as "aldeas" eran simplemente uns poucos fogares agrupados arredor do palla. escolas cubertas. A actividade misioneira sostida comezou aproximadamente na mesma época. Os menonitas, patrocinados polo Ministerio de Educación de Panamá, iniciaron un programa de alfabetización deseñado para rexistrar as linguas Emberá e Wounaan para producir traducións de materiais relixiosos cos que ensinar aos indios. Familias indias agrupadas arredor das casas dos misioneiros de Lucas en 1954 e de El Mamey no Río Jaqué en 1956. Tres "aldeas escolares" e tres "misións".existían en 1960.

Un aventureiro filantrópico, Harold Baker Fernandez (alcumado "Perú"), que comezou a vivir cos Emberá en 1963, adoptou as formas Emberá e Wounaan, aprendeu a súa cultura dende a perspectiva dun insider e ensinoulles a garantir os dereitos sobre a terra. Aconselloulles que, formando aldeas, podían solicitar ao goberno profesores, escolas e material médico. Mediante un control territorial máis eficaz, díxolles, poderían obter unha comarca, ou distrito político semiautónomo, como o tiñan os Kuna, garantindo os dereitos indíxenas á terra e aos recursos.Un "modelo de aldea", cunha escola, un dormitorio de profesores, un salón de reunións e unha tenda de aldea entre casas con teito de palla, difundido por Darién; 1968, había doce aldeas emberá.O goberno do xeneral Omar Torrijos apoiou estas iniciativas, que animaron aos indios a definir a súa propia estrutura política.Un xefe kuna designado ( cacique ) introduciu o modelo político kuna ( caciquismo ) xa que foron seleccionados os primeiros xefes. Durante os dous anos seguintes formáronse dezaoito aldeas adicionais, e en 1970 o Darién Emberá e Wounaan adoptaron formalmente unha nova organización política que contaba con xefes, congresos e líderes da aldea, segundo o modelo do sistema Kuna. En 1980 formáronse cincuenta aldeas en Darién e desenvolvéronse outras en dirección aPanamá central.

Os Emberá e Wounaan recibiron o status de comarca en 1983. A Comarca Emberá, chamada localmente "Emberá Drua", está formada por dous distritos separados en Darién, Sambú e Cemaco que abarcan 4.180 quilómetros cadrados de Sambú e Chucunaque. Concas do Tuira. Quedan algúns negros de fala hispana, pero só hai unha pequena cidade non india dentro do distrito. Hoxe Emberá Drua ten corenta aldeas e máis de 8.000 habitantes indíxenas (83 por cento Emberá, 16 por cento Wounaan e 1 por cento outros).