Það er óvíst hvort ræðumenn Emberá og Wounaan hafi búið í Mið-Ameríku á tímum fyrir Rómönsku. Darién-svæðið í austurhluta Panama var yfirráðasvæði Kuna á milli seinni sextándu aldar og átjándu aldar. Það var þar sem Spánverjar stofnuðu El Real árið 1600 til að vernda leiðina upp á við frá Cana gullnámunum, sem einu sinni var sagt þær ríkustu í Ameríku. Annað virki var byggt nálægt mynni Río Sabanas og litlar námunámubyggðir þróuðust annars staðar. Árið 1638 hjálpaði trúboðinn Fray Adrián de Santo Tomás að dreifðum Kuna fjölskyldum í þorp við Pinogana, Capetí og Yaviza. Kuna-menn stóðust kröfum Spánverja um að þeir ynnu við námuvinnslu og börðust, stundum við hlið sjóræningja, við að eyðileggja trúboðsbyggðir á 17. Spánverjar fengu „Chocó“ (með óttaslegnum blástursbyssum sínum) og svarta málaliða í gagnsóknina; Kúnunum var ýtt inn í bakland Darién og hófu sögulega fólksflutninga þeirra yfir meginlandsskilin til San Blas ströndarinnar. Fyrir vikið mistókst landnámsátakið og Spánverjar tóku í sundur virki sín og yfirgáfu svæðið seint á átjándu öld.

Emberá byrjaði að setjast að Darién seint á átjándu öld og í upphafi 1900 hafði hún numið flest vatnasviðin. Sumir Evrópubúar settust að lokum þar að og mynduðu nýja bæi, sem nú eru undir stjórnSpænskumælandi blökkumenn. Emberá settist að fjarri þessum bæjum og Kuna-svæðum sem eftir voru. Emberá fannst allt til vesturs og frárennsli síkisins um 1950. Wounaan fjölskyldur höfðu farið inn í Panama á fjórða áratugnum.

Líf Emberá og Wounaan breyttist verulega í Panama um miðja tuttugustu öld. Löngun eftir vestrænum vörum kom þeim inn í peningahagkerfi. Þeir áttu viðskipti við svarta, spænskumælandi kaupsýslumenn, skiptu á uppskeru og skógarafurðum fyrir reiðufé. Meðal þeirra hundruða framleiddu vara sem nú eru mikilvægar eru spjöld, axarhausar, pottar og pönnur, rifflar, byssukúlur og klæði. Þorpsskipulag spratt af þörfinni á að tala spænsku við þessa utanaðkomandi. Emberá öldungar báðu landsstjórnina beiðni um að útvega kennara fyrir ána sína og skólar voru stofnaðir í Pulida, Río Tupisa, árið 1953 og í Naranjal, Río Chico, árið 1956. Upphaflega voru „þorp“ einfaldlega nokkur heimili sem þyrptust í kringum stráþekjanna. þakklædd skólahús. Viðvarandi trúboðsstarf hófst um svipað leyti. Mennónítar, á vegum menntamálaráðuneytisins í Panama, hófu læsiforrit sem ætlað var að skrá Emberá og Wounaan tungumálin til að framleiða þýðingar á trúarlegu efni til að kenna indíánum. Indverskar fjölskyldur hópuðust í kringum trúboðsheimili í Lucas árið 1954 og El Mamey á Río Jaqué árið 1956. Þrjú „skólaþorp“ og þrjú „trúboðsþorp“þorpum" var til árið 1960.

Mannúðarævintýramaður, Harold Baker Fernandez (kallaður "Perú"), sem byrjaði að búa við Emberá árið 1963, tók upp Emberá og Wounaan hátt, lærði menningu þeirra frá innherjasjónarhorni og kenndi þeim um að tryggja landréttindi. Hann ráðlagði þeim að með því að stofna þorp gætu þeir beðið ríkisstjórnina um kennara, skóla og læknisbirgðir. Með skilvirkari svæðisstjórn sagði hann þeim að þeir gætu fengið comarca, eða hálfsjálfráða stjórnmálahverfi, eins og Kuna höfðu, sem tryggði frumbyggjaréttindi til lands og auðlinda. „þorpslíkan,“ með skólahúsi, kennaraheimili, fundarsal og þorpsverslun innan um hús með stráþök, dreift um Darién; Emberá-þorp voru tólf. Ríkisstjórn Omar Torrijos hershöfðingja studdi þessi frumkvæði, sem hvatti indíána til að skilgreina eigin pólitíska uppbyggingu. Skipaður Kuna-höfðingi ( cacique ) kynnti Kuna-pólitíska módelið ( caciquismo ) sem fyrstir höfðingjar voru valdir. Átján þorp til viðbótar voru stofnuð á næstu tveimur árum og árið 1970 tóku Darién Emberá og Wounaan formlega upp nýja stjórnmálasamtök sem innihéldu höfðingja, þing og þorpsleiðtoga, með mynstri eftir Kuna-kerfinu. Árið 1980 höfðu fimmtíu þorp verið mynduð í Darién og önnur þróuð í átt aðmiðhluta Panama.

Emberá og Wounaan fengu comarca stöðu árið 1983. Comarca Emberá - sem er á staðnum kallað "Emberá Drua" - samanstendur af tveimur aðskildum héruðum í Darién, Sambú og Cemaco sem þekja 4.180 ferkílómetra af Sambú og Chucunaque- Tuira vatnasvæði. Nokkrir spænskumælandi blökkumenn eru eftir, en aðeins einn lítill bær sem er ekki indverskur er innan héraðsins. Í dag hefur Emberá Drua fjörutíu þorp og yfir 8.000 frumbyggja (83 prósent Emberá, 16 prósent Wounaan og 1 prósent annað).