Embera ve Wounaan dillerini konuşanların İspanyol öncesi dönemlerde Orta Amerika'da yaşayıp yaşamadıkları kesin değildir. Doğu Panama'nın Darién bölgesi on altıncı yüzyılın sonları ile on sekizinci yüzyıl arasında Kuna bölgesiydi. 1600 yılında İspanyollar, bir zamanlar Amerika'nın en zenginleri olduğu söylenen Cana altın madenlerinden nehrin yukarısına giden yolu korumak için El Real'i kurdular.Río Sabanas'ın ağzı yakınlarında inşa edilmiş ve başka yerlerde küçük maden yerleşim yerleri gelişmiştir. 1638'de misyoner Fray Adrián de Santo Tomás dağınık Kuna ailelerinin Pinogana, Capetí ve Yaviza'daki köylerde toplanmasına yardımcı olmuştur. Kuna'lar İspanyolların madencilik faaliyetlerinde çalışma taleplerine direnmiş ve 1700'lerde misyon yerleşimlerini yok etmek için bazen korsanlarla birlikte savaşmışlardır.İspanyollar karşı saldırıya "Chocó "ları (korkulan üflemeli tüfekleriyle) ve Siyah paralı askerleri kattılar; Kuna'lar Darién'in arka bölgelerine itildiler ve kıta bölünmesi boyunca San Blas kıyılarına doğru tarihi göçlerine başladılar. Sonuç olarak, kolonizasyon çabası başarısız oldu ve İspanyollar kalelerini sökerek on sekizinci yüzyılın sonlarında bölgeyi terk ettiler.

Emberálar on sekizinci yüzyılın sonlarında Darién'e yerleşmeye başlamış ve 1900'lerin başlarında nehir havzalarının çoğunu işgal etmişlerdir. Bazı Avrupalılar zamanla buraya yeniden yerleşerek günümüzde İspanyolca konuşan Siyahların hâkim olduğu yeni kasabalar kurmuşlardır. Emberálar bu kasabalardan ve geriye kalan iki Kuna bölgesinden uzağa yerleşmişlerdir. 1950'lerde Emberálar kanal drenajına kadar batıda bulunmuşlardır. Wounaan aileleri1940'larda Panama'ya girmişti.

Yirminci yüzyılın ortalarında Panama'da Embera ve Wounaan yaşamı dramatik bir şekilde değişti. Batılı ürünlere duyulan arzu onları nakit ekonomisine yöneltti. Siyah, İspanyolca konuşan işadamlarıyla ticaret yaptılar, mahsulleri ve orman ürünlerini nakit parayla takas ettiler. Artık önemli olan yüzlerce mamul mal arasında palalar, balta başları, kap kacaklar, tüfekler, mermiler ve kumaşlar var. Köy organizasyonuEmberá yaşlıları nehir kenarındaki bölgelerine öğretmen sağlanması için ulusal hükümete dilekçe verdiler ve 1953'te Pulida, Río Tupisa'da ve 1956'da Naranjal, Río Chico'da okullar kuruldu. Başlangıçta "köyler" saz çatılı okul binalarının etrafında kümelenmiş birkaç haneden ibaretti. Sürekli misyonerlik faaliyetleri yaklaşık aynı dönemde başladıPanama Eğitim Bakanlığı tarafından desteklenen Mennonitler, Emberá ve Wounaan dillerini kaydederek Kızılderililere öğretmek üzere dini materyallerin çevirilerini üretmek üzere tasarlanmış bir okuma yazma programı başlattı. 1954'te Lucas'ta ve 1956'da Río Jaqué'deki El Mamey'de misyoner evlerinin etrafında Kızılderili aileler gruplaştı. 1960'ta üç "okul köyü" ve üç "misyon köyü" vardı.

Hayırsever bir maceraperest olan Harold Baker Fernandez ("Peru" lakaplı), 1963 yılında Embera'larla birlikte yaşamaya başlamış, Embera ve Wounaan adetlerini benimsemiş, kültürlerini içeriden bir bakış açısıyla öğrenmiş ve onlara toprak haklarını güvence altına almayı öğretmiştir. Onlara, köyler kurarak öğretmenler, okullar ve tıbbi malzemeler için hükümete dilekçe verebileceklerini tavsiye etmiştir.bölgesel kontrolü ele geçirebileceklerini söyledi. comarca, ya da Kuna'nın sahip olduğu gibi yarı özerk bir siyasi bölge oluşturarak yerlilerin toprak ve kaynaklar üzerindeki haklarını garanti altına aldı. Saz çatılı evlerin arasında bir okul binası, öğretmenevi, toplantı salonu ve köy dükkanından oluşan bir "köy modeli" Darién'e yayıldı; 1968'de on iki Emberá köyü vardı. General Omar Torrijos hükümeti bu girişimleri destekledi ve yerlilerikendi siyasi yapılarını tanımlarlar. Atanmış bir Kuna şefi ( Cacique ) Kuna siyasi modelini ( caciquismo Sonraki iki yıl içinde on sekiz köy daha kuruldu ve 1970 yılında Darién Emberá ve Wounaan, Kuna sistemini örnek alan şefler, kongreler ve köy liderlerinden oluşan yeni bir siyasi örgütlenmeyi resmen kabul etti. 1980 yılına gelindiğinde Darién'de elli köy kurulmuş ve diğerleri merkezi Panama yönünde gelişmişti.

Emberá ve Wounaan 1983 yılında Comarca statüsü almıştır. Comarca Emberá -yerel olarak "Emberá Drua" olarak adlandırılır- Darién, Sambú ve Cemaco'da Sambú ve Chucunaque-Tuira havzalarının 4.180 kilometrekaresini kapsayan iki ayrı bölgeden oluşur. İspanyolca konuşan bazı Siyahlar kalmıştır, ancak bölge içinde Kızılderili olmayan sadece bir küçük kasaba bulunmaktadır. Bugün Emberá Drua'nın kırk köyü ve 8.000'den fazlayerli halk (yüzde 83 Embera, yüzde 16 Wounaan ve yüzde 1 diğer).