Не е сигурно дали говорителите на Ембера и Вунаан живееле во Централна Америка за време на предхиспанското време. Регионот Дариен во источна Панама бил територија на Куна помеѓу доцниот шеснаесетти и осумнаесеттиот век. Таму Шпанците го основаа Ел Реал во 1600 година за да ја заштитат горната рута од рудниците за злато Кана, некогаш наводно најбогатите во Америка. Друга тврдина била изградена во близина на устието на Рио Сабанас и на друго место се развиле мали населби за ископување плацер. Во 1638 година, мисионерот Фреј Адриан де Санто Томас помогнал да се здружат дисперзираните семејства Куна во селата во Пиногана, Капети и Јавиза. Куните се спротивставија на шпанските барања да работат во рударски операции и се бореа, понекогаш заедно со пиратите, да ги уништат населбите на мисијата во текот на 1700-тите. Шпанците ги вклучија „Чоко“ (со нивните страшни пушки) и црните платеници во контраофанзивата; Куните беа турнати во позадините на Дариен и ја започнаа нивната историска миграција низ континенталниот јаз до брегот на Сан Блас. Како резултат на тоа, напорите за колонизација пропаднале, а Шпанците ги растуриле своите тврдини и го напуштиле регионот кон крајот на XVIII век.

Ембера почнал да го населува Дариен кон крајот на осумнаесеттиот век, а до почетокот на 1900-тите го окупирал најголемиот дел од речните сливови. Некои Европејци на крајот се преселиле таму, формирајќи нови градови, во кои сега доминираатЦрнци кои зборуваат шпански. Ембера се населиле подалеку од овие градови и двете преостанати области на Куна. Ембера биле пронајдени на запад до одводот на каналот до 1950-тите. Вунанските семејства влегле во Панама во текот на 1940-тите.

Животот на Ембера и Вунан драматично се промени во Панама во средината на дваесеттиот век. Желбата за западните производи ги донесе во готовинските економии. Тие тргуваа со црни бизнисмени кои зборуваат шпански, разменувајќи ги земјоделските култури и шумските производи за готовина. Меѓу стотиците произведени производи кои сега се важни се мачетите, главите од секири, тенџерињата и тавите, пушките, куршумите и ткаенината. Селската организација произлезе од потребата да се зборува шпански со овие аутсајдери. Старешините на Ембера поднесоа петиција до националната влада да обезбеди наставници за нивните речни сектори, а училиштата беа основани во Пулида, Рио Туписа, во 1953 година и во Наранџал, Рио Чико, во 1956 година. Првично, „селата“ беа само неколку домаќинства собрани околу слама. покриви училишни куќи. Одржливата мисионерска активност започна речиси во исто време. Менонитите, спонзорирани од Министерството за образование на Панама, започнаа програма за описменување дизајнирана да ги сними јазиците Ембера и Вунаа за да произведува преводи на религиозни материјали со кои ќе ги поучуваат Индијанците. Индиските семејства се групираа околу мисионерските домови во Лукас во 1954 година и Ел Мамеј на Рио Жаке во 1956 година. Три „училишни села“ и три „мисијасела“ постоеле во 1960 година.

Филантропскиот авантурист, Харолд Бејкер Фернандез (наречен „Перу“), кој почнал да живее со Ембера во 1963 година, ги усвоил начините на Ембера и Вунаан, ја научил нивната култура од перспектива на инсајдерот и ги подучуваше за обезбедување на правата на земјиштето. 3> или полуавтономна политичка област, како што ја имаше Куна, гарантирајќи ги правата на домородните земји на земјиште и ресурси. 1968 година, имаше дванаесет села Ембера. Владата на генералот Омар Торијос ги поддржа овие иницијативи, кои ги охрабрија Индијците да ја дефинираат сопствената политичка структура. Назначен шеф на Куна ( cacique ) го воведе политичкиот модел Куна ( caciquismo ) како први началници беа избрани. Дополнителни осумнаесет села беа формирани во текот на следните две години, а во 1970 година Дариен Ембера и Вунаан официјално усвоија нова политичка организација во која имаше началници, конгреси и селски водачи, по моделот на системот Куна. До 1980 година, во Дариен беа формирани педесет села, а други се развија во насока нацентрална Панама.

Ембера и Вунаан добија статус на комарка во 1983 година. Туира басени. Некои црнци што зборуваат шпански остануваат, но само еден мал неиндиски град е во областа. Денес Ембера Друа има четириесет села и над 8.000 домородни жители (83 отсто Ембера, 16 отсто Вунаан и 1 отсто други).