Hindi tiyak kung ang mga nagsasalita ng Emberá at Wounaan ay nanirahan sa Central America noong mga panahon bago ang Hispanic. Ang rehiyon ng Darién sa silangang Panama ay teritoryo ng Kuna sa pagitan ng huling bahagi ng ikalabing-anim na siglo at ikalabing walong siglo. Doon itinatag ng mga Kastila ang El Real noong 1600 upang protektahan ang ruta sa itaas ng ilog mula sa mga minahan ng ginto sa Cana, na minsan ay naiulat na pinakamayaman sa Amerika. Ang isa pang kuta ay itinayo malapit sa bukana ng Río Sabanas at maliliit na placer-mining settlements na binuo sa ibang lugar. Noong 1638 ang misyonerong si Fray Adrián de Santo Tomás ay tumulong sa pagsasama-sama ng mga pamilyang Kuna na nagkalat sa mga nayon sa Pinogana, Capetí, at Yaviza. Nilabanan ng Kuna ang mga kahilingan ng Espanyol na magtrabaho sila sa mga operasyon ng pagmimina at nakipaglaban, minsan kasama ng mga pirata, upang sirain ang mga pamayanan ng misyon noong 1700s. Ang mga Espanyol ay inarkila si "Chocó" (kasama ang kanilang kinatatakutang mga blowgun) at mga Black mersenaryo sa kontra-opensiba; ang Kuna ay itinulak sa Darién backlands at nagsimula ang kanilang makasaysayang paglipat sa buong continental divide sa baybayin ng San Blas. Bilang resulta, nabigo ang pagsisikap ng kolonisasyon, at binuwag ng mga Espanyol ang kanilang mga kuta at umalis sa rehiyon noong huling bahagi ng ikalabing walong siglo.

Si Emberá ay nagsimulang manirahan kay Darién noong huling bahagi ng ikalabing walong siglo, at noong unang bahagi ng 1900s ay nasakop na niya ang karamihan sa mga basin ng ilog. Ang ilang mga European sa kalaunan ay nanirahan doon, na bumubuo ng mga bagong bayan, na ngayon ay pinangungunahan ngMga Itim na nagsasalita ng Espanyol. Ang Emberá ay tumira sa malayo sa mga bayang ito at sa dalawang nalalabing lugar ng Kuna. Natagpuan ang Emberá hanggang sa kanluran ng kanal ng kanal noong 1950s. Ang mga pamilya Wounaan ay pumasok sa Panama noong 1940s.

Kapansin-pansing nagbago ang buhay nina Emberá at Wounaan sa Panama noong kalagitnaan ng ikadalawampu siglo. Ang pagnanais para sa mga produkto ng Kanluran ay nagdala sa kanila sa mga ekonomiya ng pera. Nakipagkalakalan sila sa mga Black, mga negosyanteng nagsasalita ng Espanyol, nakikipagpalitan ng mga pananim at mga produkto ng gubat para sa pera. Kabilang sa daan-daang mga produktong gawa na mahalaga ngayon ay mga machete, ulo ng palakol, kaldero at kawali, riple, bala, at tela. Ang organisasyon ng nayon ay nagmula sa pangangailangang magsalita ng Espanyol sa mga tagalabas na ito. Ang mga matatanda ng Emberá ay nagpetisyon sa pambansang pamahalaan na magkaloob ng mga guro para sa kanilang mga sektor ng ilog, at ang mga paaralan ay itinatag sa Pulida, Río Tupisa, noong 1953 at sa Naranjal, Río Chico, noong 1956. Noong una, ang "mga nayon" ay ilan lamang sa mga sambahayan na nakakumpol sa paligid ng pawid- mga bahay-paaralan na may bubong. Ang patuloy na aktibidad ng misyonero ay nagsimula sa parehong oras. Ang mga Mennonites, na itinaguyod ng Ministri ng Edukasyon ng Panama, ay nagsimula ng isang programa sa pagbasa at pagsulat na idinisenyo upang itala ang mga wikang Emberá at Wounaan upang makabuo ng mga pagsasalin ng mga materyal na panrelihiyon na magagamit sa pagtuturo sa mga Indian. Ang mga pamilyang Indian ay naggrupo sa mga tahanan ng mga misyonero sa Lucas noong 1954 at El Mamey sa Río Jaqué noong 1956. Tatlong "mga nayon ng paaralan" at tatlong "misyonvillages" ay umiral noong 1960.

Isang philanthropic adventurer, si Harold Baker Fernandez (palayaw na "Peru"), na nagsimulang manirahan kasama ang Emberá noong 1963, nagpatibay ng mga paraan ng Emberá at Wounaan, natutunan ang kanilang kultura mula sa pananaw ng isang tagaloob, at itinuro sa kanila ang tungkol sa pag-secure ng mga karapatan sa lupa. Pinayuhan niya sila na, sa pamamagitan ng pagbuo ng mga nayon, maaari silang magpetisyon sa gobyerno para sa mga guro, paaralan, at mga medikal na suplay. Sa pamamagitan ng mas epektibong kontrol sa teritoryo, sinabi niya sa kanila, maaari silang makakuha ng comarca, o semiautonomous political district, gaya ng Kuna, na ginagarantiyahan ang mga katutubong karapatan sa lupa at mga mapagkukunan. Isang "modelo ng nayon," na may schoolhouse, dorm ng guro, meeting hall, at tindahan ng nayon sa gitna ng mga bahay na bubong na pawid, na nakakalat sa Darién; Noong 1968, mayroong labindalawang nayon ng Emberá. Sinuportahan ng pamahalaan ni Heneral Omar Torrijos ang mga hakbangin na ito, na nag-udyok sa mga Indian na tukuyin ang kanilang sariling istrukturang pampulitika. Isang hinirang na pinuno ng Kuna ( cacique ) ang nagpakilala ng modelong pampulitika ng Kuna ( caciquismo ) bilang mga unang pinuno ang napili. Isang karagdagang labingwalong nayon ang nabuo sa susunod na dalawang taon, at noong 1970 ang Darién Emberá at Wounaan ay pormal na nagpatibay ng isang bagong organisasyong pampulitika na nagtampok ng mga pinuno, kongreso, at pinuno ng nayon, na nakaayon sa sistemang Kuna. Noong 1980, limampung nayon ang nabuo sa Darién at ang iba ay binuo sa direksyon nggitnang Panama.

Ang Emberá at Wounaan ay nakatanggap ng comarca status noong 1983. Ang Comarca Emberá—lokal na tinatawag na "Emberá Drua"—ay binubuo ng dalawang magkahiwalay na distrito sa Darién, Sambú, at Cemaco na sumasaklaw sa 4,180 square kilometers ng Sambú at Chucunaque- Tuira basin. Nananatili ang ilang Blacks na nagsasalita ng Espanyol, ngunit isang maliit na bayan na hindi Indian ang nasa loob ng distrito. Ngayon ang Emberá Drua ay may apatnapung nayon at mahigit 8,000 katutubong naninirahan (83 porsiyento ng Emberá, 16 porsiyento ng Wounaan, at 1 porsiyentong iba pa).