No se sabe con certeza si los emberá y los wounaan hablantes vivían en Centroamérica en la época prehispánica. La región del Darién, al este de Panamá, fue territorio kuna entre finales del siglo XVI y el siglo XVIII. Fue allí donde los españoles establecieron El Real en 1600 para proteger la ruta río arriba de las minas de oro de Cana, que en su día se consideraron las más ricas de América. Otro fuerte fueEn 1638, el misionero Fray Adrián de Santo Tomás ayudó a aglomerar a las familias kuna dispersas en aldeas en Pinogana, Capetí y Yaviza. Los kuna se resistieron a las exigencias españolas de que trabajaran en las explotaciones mineras y lucharon, a veces junto a piratas, para destruir los asentamientos de las misiones durante la década de 1700.Los españoles alistaron mercenarios chocó (con sus temidas cerbatanas) y negros en la contraofensiva; los kuna fueron empujados a las tierras del Darién e iniciaron su histórica migración a través de la divisoria continental hacia la costa de San Blas. Como resultado, el esfuerzo colonizador fracasó, y los españoles desmantelaron sus fuertes y abandonaron la región a finales del siglo XVIII.

Los emberá comenzaron a asentarse en Darién a finales del siglo XVIII, y a principios del siglo XX ya habían ocupado la mayor parte de las cuencas fluviales. Algunos europeos acabaron reasentándose allí, formando nuevas ciudades, que ahora están dominadas por negros hispanohablantes. Los emberá se asentaron lejos de estas ciudades y de las dos zonas kuna restantes. En la década de 1950, los emberá se encontraban tan al oeste como el drenaje del canal. Familias wounaanhabían entrado en Panamá durante la década de 1940.

La vida de los emberá y los wounaan cambió radicalmente en Panamá a mediados del siglo XX. El deseo de adquirir productos occidentales les llevó a la economía monetaria. Comerciaban con empresarios negros de habla hispana, intercambiando cosechas y productos forestales por dinero en efectivo. Entre los cientos de productos manufacturados que ahora son importantes se encuentran machetes, cabezas de hacha, ollas y sartenes, rifles, balas y telas. Organización de los pueblosLos ancianos emberá solicitaron al gobierno nacional que proporcionara maestros para sus sectores ribereños, y se establecieron escuelas en Pulida, Río Tupisa, en 1953, y en Naranjal, Río Chico, en 1956. Al principio, las "aldeas" no eran más que unos pocos hogares agrupados en torno a escuelas con techos de paja. La actividad misionera sostenida comenzó aproximadamente en la misma época.Los menonitas, patrocinados por el Ministerio de Educación de Panamá, iniciaron un programa de alfabetización destinado a grabar las lenguas emberá y wounaan para producir traducciones de materiales religiosos con los que enseñar a los indios. Las familias indias se agruparon en torno a las casas de los misioneros en Lucas en 1954 y en El Mamey, en el río Jaqué, en 1956. En 1960 existían tres "aldeas escuela" y tres "aldeas misión".

Un aventurero filantrópico, Harold Baker Fernández (apodado "Perú"), que empezó a vivir con los emberá en 1963, adoptó las costumbres emberá y wounaan, aprendió su cultura desde una perspectiva interna y les enseñó a garantizar los derechos sobre la tierra. Les aconsejó que, formando aldeas, podrían solicitar al gobierno maestros, escuelas y suministros médicos. A través de unoscontrol territorial, les dijo, podrían obtener un comarca, Un "modelo de aldea", con una escuela, un dormitorio para los maestros, una sala de reuniones y una tienda en medio de casas con techos de paja, se extendió por todo el Darién; en 1968, había doce aldeas emberá. El gobierno del general Omar Torrijos apoyó estas iniciativas, que animaron a los indios adefinen su propia estructura política. Un jefe kuna designado ( cacique ) introdujo el modelo político kuna ( caciquismo En los dos años siguientes se formaron otras dieciocho aldeas, y en 1970 los Emberá y Wounaan de Darién adoptaron formalmente una nueva organización política que incluía jefes, congresos y líderes de aldea, siguiendo el modelo del sistema Kuna. En 1980 se habían formado cincuenta aldeas en Darién y otras se desarrollaron en dirección al centro de Panamá.

Los Emberá y Wounaan recibieron el estatus de comarca en 1983. La Comarca Emberá-llamada localmente "Emberá Drua"-consiste en dos distritos separados en Darién, Sambú y Cemaco que cubren 4.180 kilómetros cuadrados de las cuencas del Sambú y Chucunaque-Tuira. Quedan algunos negros hispanohablantes, pero sólo un pequeño pueblo no indígena está dentro del distrito. Hoy Emberá Drua tiene cuarenta aldeas y más de 8.000 habitantes.habitantes indígenas (83% emberá, 16% wounaan y 1% otros).