No està clar si els parlants de Emberá i Wounaan van viure a Amèrica Central durant l'època prehispànica. La regió de Darién a l'est de Panamà va ser territori kuna entre finals del segle XVI i el segle XVIII. Va ser allà on els espanyols van establir El Real l'any 1600 per protegir la ruta riu amunt de les mines d'or de Cana, una vegada segons es diu les més riques d'Amèrica. Un altre fort es va construir prop de la desembocadura del riu Sabanas i en altres llocs es van desenvolupar petits assentaments de mineria. El 1638, el missioner Fra Adrián de Santo Tomás va ajudar a aglomerar les famílies kuna disperses als pobles de Pinogana, Capetí i Yaviza. Els kuna van resistir les demandes espanyoles que treballessin en operacions mineres i van lluitar, de vegades al costat dels pirates, per destruir els assentaments de missió durant el segle XVIII. Els espanyols van enrolar "Chocó" (amb les seves temudes cerbatanas) i mercenaris negres a la contraofensiva; els kuna van ser empès a les terres de Darién i van començar la seva migració històrica a través de la divisió continental fins a la costa de San Blas. Com a resultat, l'esforç de colonització va fracassar i els espanyols van desmantellar els seus forts i van abandonar la regió a finals del segle XVIII.

Emberá va començar a assentar-se a Darién a finals del segle XVIII, i a principis del 1900 ja havia ocupat la majoria de les conques fluvials. Alguns europeus finalment es van reassentar allà, formant noves ciutats, que ara estan dominades perNegres castellanoparlants. Els Emberá es van establir lluny d'aquestes ciutats i de les dues àrees Kuna restants. Els Emberá es van trobar tan a l'oest com el desguàs del canal a la dècada de 1950. Les famílies Wounaan havien entrat a Panamà durant la dècada de 1940.

La vida dels Emberá i Wounaan va canviar dràsticament a Panamà durant la meitat del segle XX. El desig dels productes occidentals els va portar a les economies d'efectiu. Van comerciar amb homes de negocis negres i hispanoparlants, intercanviant collites i productes forestals per diners en efectiu. Entre els centenars de productes manufacturats que actualment són importants hi ha matxets, caps de destral, olles i paelles, rifles, bales i draps. L'organització del poble va sorgir de la necessitat de parlar castellà amb aquests forasters. Els ancians d'Emberà van demanar al govern nacional que proporcionés professors per als seus sectors fluvials, i es van establir escoles a Pulida, Río Tupisa, el 1953 i a Naranjal, Río Chico, el 1956. Inicialment, els "pobles" eren simplement unes poques llars agrupades al voltant del palla. escoles cobertes. L'activitat missionera sostinguda va començar gairebé al mateix temps. Els mennonites, patrocinats pel Ministeri d'Educació de Panamà, van iniciar un programa d'alfabetització dissenyat per registrar les llengües Emberá i Wounaan per tal de produir traduccions de materials religiosos amb els quals ensenyar als indis. Famílies índies agrupades al voltant de les cases de missioners a Lucas el 1954 i El Mamey al riu Jaqué el 1956. Tres "pobles escolars" i tres "missió".pobles" existia el 1960.

Un aventurer filantròpic, Harold Baker Fernandez (anomenat "Perú"), que va començar a viure amb els Emberá el 1963, va adoptar les maneres Emberá i Wounaan, va aprendre la seva cultura des d'una perspectiva privilegiada i els va ensenyar a assegurar els drets de la terra. Els va aconsellar que, formant pobles, podien demanar al govern professors, escoles i material mèdic. Mitjançant un control territorial més efectiu, els va dir, podrien obtenir una comarca, o districte polític semiautònom, com els kuna, que garanteix els drets dels indígenes a la terra i als recursos.Un "model de poble", amb una escola, un dormitori de professors, una sala de reunions i una botiga del poble entre cases amb sostres de palla, difós per Darién; L'any 1968 hi havia dotze pobles Emberá. El govern del general Omar Torrijos va donar suport a aquestes iniciatives, que van animar els indis a definir la seva pròpia estructura política. Un cap kuna designat ( cacic ) va introduir el model polític kuna ( caciquisme ) com es van seleccionar els primers caps. Durant els dos anys següents es van formar divuit pobles addicionals, i el 1970 el Darién Emberá i Wounaan van adoptar formalment una nova organització política que comptava amb caps, congressos i líders de pobles, modelats segons el sistema Kuna. L'any 1980 s'havien format cinquanta pobles a Darién i d'altres es van desenvolupar en direcció aPanamà central.

Els Emberá i Wounaan van rebre l'estatus de comarca l'any 1983. La Comarca Emberá —anomenada localment "Emberá Drua"— consta de dos districtes separats a Darién, Sambú i Cemaco que cobreixen 4.180 quilòmetres quadrats de Sambú i Chucunaque. Conques de la Tuira. Queden alguns negres de parla espanyola, però només hi ha una petita ciutat no índia dins del districte. Avui Emberá Drua té quaranta pobles i més de 8.000 habitants indígenes (83% Emberá, 16% Wounaan i 1% altres).