Δεν είναι βέβαιο αν οι ομιλητές των Emberá και των Wounaan ζούσαν στην Κεντρική Αμερική κατά την προϊσπανική εποχή. Η περιοχή Darién του ανατολικού Παναμά ήταν έδαφος των Kuna μεταξύ των τελών του 16ου αιώνα και του 18ου αιώνα. Εκεί οι Ισπανοί ίδρυσαν το El Real το 1600 για να προστατεύσουν την ανάντη διαδρομή από τα ορυχεία χρυσού της Cana, που κάποτε φέρονταν ως τα πλουσιότερα στην Αμερική. Ένα άλλο οχυρό ήτανχτίστηκε κοντά στις εκβολές του Ρίο Σαμπάνας και μικρές εγκαταστάσεις εξόρυξης λατομείων αναπτύχθηκαν αλλού. Το 1638 ο ιεραπόστολος Fray Adrián de Santo Tomás βοήθησε να συγκεντρωθούν διασκορπισμένες οικογένειες Kuna σε χωριά στην Pinogana, το Capetí και τη Yaviza. Οι Kuna αντιστάθηκαν στις ισπανικές απαιτήσεις να εργαστούν στις επιχειρήσεις εξόρυξης και πολέμησαν, μερικές φορές μαζί με πειρατές, για να καταστρέψουν τις εγκαταστάσεις της ιεραποστολής κατά τη διάρκεια της δεκαετίας του 1700.Οι Ισπανοί επιστράτευσαν στην αντεπίθεση "Τσόκο" (με τα φοβερά φυσίγγια τους) και μαύρους μισθοφόρους- οι Κούνα απωθήθηκαν στα ορεινά του Νταριέν και άρχισαν την ιστορική τους μετανάστευση κατά μήκος του ηπειρωτικού χάσματος προς την ακτή του Σαν Μπλας. Ως αποτέλεσμα, η προσπάθεια αποικισμού απέτυχε, και οι Ισπανοί διέλυσαν τα οχυρά τους και εγκατέλειψαν την περιοχή στα τέλη του δέκατου όγδοου αιώνα.

Οι Emberá άρχισαν να εγκαθίστανται στο Darién στα τέλη του 18ου αιώνα και μέχρι τις αρχές του 1900 είχαν καταλάβει το μεγαλύτερο μέρος των λεκανών απορροής των ποταμών. Κάποιοι Ευρωπαίοι εγκαταστάθηκαν τελικά εκεί, σχηματίζοντας νέες πόλεις, στις οποίες σήμερα κυριαρχούν οι ισπανόφωνοι μαύροι. Οι Emberá εγκαταστάθηκαν μακριά από αυτές τις πόλεις και τις δύο εναπομείνασες περιοχές των Kuna. Οι Emberá βρέθηκαν μέχρι τη δεκαετία του 1950 μέχρι την αποχέτευση των καναλιών στα δυτικά. Οικογένειες Wounaanείχε εισέλθει στον Παναμά κατά τη δεκαετία του 1940.

Η ζωή των Emberá και των Wounaan άλλαξε δραματικά στον Παναμά κατά τα μέσα του εικοστού αιώνα. Η επιθυμία για δυτικά προϊόντα τους έφερε σε οικονομίες μετρητών. Έκαναν εμπόριο με μαύρους, ισπανόφωνους επιχειρηματίες, ανταλλάσσοντας καλλιέργειες και δασικά προϊόντα με μετρητά. Μεταξύ των εκατοντάδων βιομηχανικών προϊόντων που είναι πλέον σημαντικά είναι μαχαίρια, κεφαλές τσεκουριών, κατσαρόλες και τηγάνια, τουφέκια, σφαίρες και υφάσματα. Οργάνωση χωριώνΟι πρεσβύτεροι των Emberá ζήτησαν από την εθνική κυβέρνηση να παράσχει δασκάλους για τους ποτάμιους τομείς τους, και σχολεία ιδρύθηκαν στην Pulida, Río Tupisa, το 1953 και στο Naranjal, Río Chico, το 1956. Αρχικά, τα "χωριά" ήταν απλά μερικά νοικοκυριά συγκεντρωμένα γύρω από σχολεία με στέγες από ψάθες. Η συνεχής ιεραποστολική δραστηριότητα άρχισε περίπου την ίδια περίοδο.ώρα. Οι Μεννονίτες, με τη χορηγία του Υπουργείου Παιδείας του Παναμά, ξεκίνησαν ένα πρόγραμμα αλφαβητισμού με σκοπό την καταγραφή των γλωσσών Emberá και Wounaan, ώστε να παραχθούν μεταφράσεις θρησκευτικού υλικού με το οποίο θα διδάσκονταν οι Ινδιάνοι. Οι ινδιάνικες οικογένειες συγκεντρώθηκαν γύρω από τα ιεραποστολικά σπίτια στο Lucas το 1954 και στο El Mamey στο Río Jaqué το 1956. Τρία "σχολικά χωριά" και τρία "ιεραποστολικά χωριά" υπήρχαν το 1960.

Ένας φιλάνθρωπος τυχοδιώκτης, ο Χάρολντ Μπέικερ Φερνάντεζ (με το παρατσούκλι "Περού"), ο οποίος άρχισε να ζει με τους Εμπερά το 1963, υιοθέτησε τους τρόπους των Εμπερά και των Γουναάν, έμαθε την κουλτούρα τους από την οπτική γωνία ενός εκ των έσω και τους δίδαξε για την εξασφάλιση των δικαιωμάτων γης. Τους συμβούλεψε ότι, σχηματίζοντας χωριά, θα μπορούσαν να υποβάλουν αίτηση στην κυβέρνηση για δασκάλους, σχολεία και ιατρικές προμήθειες. Μέσω της αποτελεσματικότερηςεδαφικό έλεγχο, τους είπε, θα μπορούσαν να αποκτήσουν ένα comarca, ή ημιαυτόνομη πολιτική περιφέρεια, όπως είχαν οι Κούνα, που εγγυόταν τα δικαιώματα των ιθαγενών στη γη και τους πόρους. Ένα "μοντέλο χωριού", με σχολικό κτίριο, κοιτώνα δασκάλων, αίθουσα συνεδριάσεων και κατάστημα του χωριού ανάμεσα σε σπίτια με ψάθινες στέγες, διαδόθηκε σε όλο το Νταριέν- μέχρι το 1968, υπήρχαν δώδεκα χωριά Emberá. Η κυβέρνηση του στρατηγού Ομάρ Τορίχος υποστήριξε αυτές τις πρωτοβουλίες, οι οποίες ενθάρρυναν τους Ινδιάνους ναορίζουν τη δική τους πολιτική δομή. Ένας διορισμένος αρχηγός Kuna ( cacique ) εισήγαγε το πολιτικό μοντέλο Kuna ( caciquismo ) ως οι πρώτοι αρχηγοί επιλέχθηκαν. Τα επόμενα δύο χρόνια σχηματίστηκαν επιπλέον δεκαοκτώ χωριά και το 1970 οι Emberá και Wounaan του Darién υιοθέτησαν επίσημα μια νέα πολιτική οργάνωση που περιελάμβανε αρχηγούς, συνέδρια και αρχηγούς χωριών, κατά το πρότυπο του συστήματος των Kuna. Μέχρι το 1980 είχαν σχηματιστεί πενήντα χωριά στο Darién και άλλα αναπτύχθηκαν προς την κατεύθυνση του κεντρικού Παναμά.

Οι Emberá και οι Wounaan έλαβαν το καθεστώς comarca το 1983. Η Comarca Emberá -τοπικά αποκαλούμενη "Emberá Drua"- αποτελείται από δύο ξεχωριστές περιοχές στο Darién, το Sambú και το Cemaco που καλύπτουν 4.180 τετραγωνικά χιλιόμετρα των λεκανών Sambú και Chucunaque-Tuira. Μερικοί ισπανόφωνοι μαύροι παραμένουν, αλλά μόνο μία μικρή μη ινδιάνικη πόλη βρίσκεται εντός της περιοχής. Σήμερα η Emberá Drua έχει σαράντα χωριά και πάνω από 8.000αυτόχθονες κάτοικοι (83 τοις εκατό Emberá, 16 τοις εκατό Wounaan και 1 τοις εκατό άλλοι).