Είναι πιθανό ότι οι πρώτες επαφές των Karajá με τον "πολιτισμό" χρονολογούνται στα τέλη του 16ου αιώνα και στις αρχές του 17ου, όταν εξερευνητές άρχισαν να φτάνουν στην κοιλάδα Araguaia-Tocantins. Ήρθαν από το Σάο Πάολο από ξηράς ή από τα ποτάμια της λεκάνης Parnaíba, αναζητώντας ινδιάνους σκλάβους και χρυσό. Όταν ανακαλύφθηκε ο χρυσός στο Goiás γύρω στο 1725, μεταλλωρύχοι από διάφορεςπεριοχές κατευθύνθηκαν προς τα εκεί και ίδρυσαν χωριά στην περιοχή. Απέναντι σε αυτούς τους άνδρες οι Ινδιάνοι έπρεπε να πολεμήσουν για να υπερασπιστούν την περιοχή, τις οικογένειες και την ελευθερία τους. Το 1774 ιδρύθηκε ένα στρατιωτικό φυλάκιο για να διευκολυνθεί η ναυσιπλοΐα. Ο Καράγια και ο Γιαβάε ζούσαν στο φυλάκιο που ονομάστηκε αποικία Nova Beira. Αργότερα ιδρύθηκαν και άλλες αποικίες αλλά καμία δεν ήταν επιτυχής. Οι Ινδιάνοι έπρεπε να προσαρμοστούν σε ένα νέο τρόποτης ζωής και ήταν εκτεθειμένοι σε διάφορες μεταδοτικές ασθένειες στις οποίες δεν είχαν ανοσία και για τις οποίες δεν είχαν θεραπεία.

Μια νέα φάση αποικισμού ξεκίνησε στο Γκοϊάς όταν τα ορυχεία χρυσού εξαντλήθηκαν προς το τέλος του 18ου αιώνα. Με την ανεξαρτησία της Βραζιλίας, η κυβέρνηση ενδιαφέρθηκε περισσότερο για τη διατήρηση της εδαφικής ενότητας του Γκοϊάς και την αναδιάρθρωση της οικονομίας. Το 1863 ο Couto de Magalhães κυβερνήτης του Γκοϊάς, κατέβηκε στον Ρίο Αραγκουαΐα. Είχε σκοπό να αναπτύξει την ατμοπλοΐα και να προωθήσει τηναποικισμό των εδαφών κατά μήκος των συνόρων του ποταμού. Νέα χωριά ιδρύθηκαν ως αποτέλεσμα αυτής της πρωτοβουλίας και η ατμοπλοΐα αυξήθηκε κατά μήκος του Αραγκουαΐα. Ωστόσο, μόλις πρόσφατα η περιοχή εντάχθηκε στην εθνική οικονομία. Η Υπηρεσία Προστασίας των Ινδιάνων (SPI) επέτρεψε στους κτηνοτρόφους να καταλάβουν τα χωράφια που βρέχονται από τον ποταμό, εμπλέκοντας σταδιακά τους Karajá, Javaé,Tapirapé, και Avá (Canoeiros) Ινδιάνων και προκαλώντας πολλές αλλαγές στη ζωή τους, καθώς τα ινδιάνικα εδάφη κατακλύζονταν από τα κοπάδια βοοειδών κατά την περίοδο των βροχών. Όταν η στρατιωτική κυβέρνηση ανέλαβε την εξουσία το 1964, το SPI έπαψε να υφίσταται και δημιουργήθηκε το Fundação Nacional do Indio (Εθνικό Ίδρυμα Ινδιάνων, FUNAI), με παρόμοιες λειτουργίες. Αναφορές συγγραφέων, ταξιδιωτών, κυβερνητικών υπαλλήλων καιοι εθνολόγοι αναφέρουν έντονη ερήμωση μεταξύ των Karajá από τον δέκατο έβδομο έως τον εικοστό αιώνα.