Вероватно је да први контакти Караја са "цивилизацијом" датирају до краја шеснаестог века и почетка седамнаестог, када су истраживачи почели да пристижу у долину Арагуаиа-Тоцантинс. Дошли су из Сао Паула копном или рекама у басену Парнаиба, тражећи индијанске робове и злато. Када је злато откривено у Гојасу око 1725. године, рудари из неколико региона кренули су тамо и основали села у региону. Против ових људи Индијанци су морали да се боре да бране своју територију, породице и слободу. Војна пошта је основана 1774. да би олакшала пловидбу. Караја и Јавае живели су на месту које се звало колонија Нова Беира. Касније су основане и друге колоније, али ниједна није била успешна. Индијанци су морали да се прилагоде новом начину живота и били су подложни разним заразним болестима на које нису имали имунитет и за које нису имали лек.

Нова фаза колонизације почела је у Гојасу када су рудници злата исцрпљени крајем осамнаестог века. Са бразилском независношћу, влада је постала више заинтересована за очување територијалног јединства Гојаса и реструктурирање привреде. Године 1863. Цоуто де Магалхаес гувернер Гојаса, спустио се у Рио Арагуаиа. Намеравао је да развије парну пловидбу и да промовише колонизацију земаља дуж границе реке. Основана су нова селакао резултат ове иницијативе, и парна пловидба се повећала дуж Арагваје. Међутим, регион је тек недавно увучен у националну економију. Служба заштите Индијанаца (СПИ) дозволила је сточарима да заузму поља која се граниче са реком, постепено укључивајући Индијанце Караја, Јавае, Тапирапе и Ава (Цаноеирос) и изазивајући много промена у њиховим животима, будући да су индијанске територије биле нападнута стада стоке током кишне сезоне. Када је војна влада преузела власт 1964. године, СПИ је престао да постоји и створен је Фундацао Национал до Индио (Национална индијска фондација, ФУНАИ) са сличним функцијама. Извештаји писаца, путника, државних службеника и етнолога указују на наглашену депопулацију међу Караџом од седамнаестог до двадесетог века.