Verŝajne la unuaj kontaktoj de la Karajá kun "civilizacio" datiĝas al la fino de la deksesa jarcento kaj la komenco de la deksepa, kiam esploristoj komencis alveni al la Araguaia-Tocantins Valo. Ili venis el San-Paŭlo per tero aŭ ĉe riveroj de la Parnaíba Baseno, serĉante hindajn sklavojn kaj oron. Kiam oro estis malkovrita en Gojaso ĉirkaŭ 1725, ministoj el pluraj regionoj iris tien kaj fondis vilaĝojn en la regiono. Estis kontraŭ tiuj viroj ke la indianoj devis batali por defendi sian teritorion, familiojn, kaj liberecon. Armea posteno estis establita en 1774 por faciligi navigacion. Karajá kaj Javaé vivis sur la poŝto kiu estis nomita la Nova Beira kolonio. Aliaj kolonioj estis fonditaj poste sed neniu sukcesis. La indianoj devis adaptiĝi al nova vivmaniero kaj estis submetataj al diversaj kontaĝaj malsanoj al kiuj ili ne havis imunecon kaj por kiuj ili ne havis kuracadon.

Nova fazo de koloniado komenciĝis en Gojaso kiam la orminejoj elĉerpiĝis fine de la dekoka jarcento. Kun brazila sendependeco, la registaro iĝis pli interesita pri konservado de la teritoria unueco de Gojaso kaj restrukturado de la ekonomio. En 1863 Couto de Magalhães guberniestro de Gojaso, descendis la Rio Araguaia. Li intencis evoluigi vapornavigacion kaj antaŭenigi koloniigon de teroj laŭ la limo de la rivero. Novaj vilaĝoj estis fonditajkiel rezulto de tiu iniciato, kaj vapornavigado pliiĝis laŭ la Araguaia. Nur lastatempe la regiono tamen estis tirita en la nacian ekonomion. La Service of Protection to the Indians (SPI) permesis brutobredistojn okupi la kampojn kiuj limas la riveron, iom post iom implikante la Karajá, Javaé, Tapirapé, kaj Avá (Canoeiros) indianojn kaj kaŭzante multe da ŝanĝo en iliaj vivoj, ĉar la hindaj teritorioj estis. invadita de la brutaro dum la pluvsezono. Kiam la militista registaro prenis potencon en 1964, la SPI ĉesis ekzisti, kaj la Fundação Nacional do Indio (Nacia Hinda Fondaĵo, FUNAI) estis kreita, kun similaj funkcioj. Raportoj de verkistoj, vojaĝantoj, registarlaboristoj, kaj etnologoj indikas akcentitan senpopoliĝon inter la Karajá de la deksepa ĝis la dudeka jarcentoj.