Ihtimal e ku têkiliyên yekem ên Karajá bi "şaristaniyê" re di dawiya sedsala şazdehan û destpêka 17emîn de, dema ku keşif dest bi gihîştina Geliyê Araguaia-Tocantins kirin. Ew ji Sao Paulo bi bejahiyê an jî bi çemên Parnaîba Basin, li kole û zêrên Hindî digerin. Dema ku zêr li Goiás-ê li dora 1725-an hate dîtin, karkerên madenê ji gelek deveran serî li wir dan û li herêmê gund ava kirin. Li dijî van mirovan bû ku Hindistan neçar bûn ku ji bo parastina xak, malbat û azadiya xwe şer bikin. Ji bo hêsankirina navîgasyonê di 1774-an de postek leşkerî hate damezrandin. Karajá û Javaé li ser posta ku jê re koloniya Nova Beira dihat gotin dijiyan. Paşê koloniyên din hatin damezrandin lê yek serketî nebû. Hindî neçar bûn ku xwe bi şêwazek nû ya jiyanê biguncînin û bi nexweşiyên cûrbecûr ên vegirtinê re rûbirû bûn ku ji wan re bêparastin û dermankirina wan tune bû.

Qonaxek nû ya kolonîzasyonê li Goiás dest pê kir dema ku kanên zêr di dawiya sedsala hîjdehan de qediyan. Bi serxwebûna Brezîlyayê re, hukûmet bêtir eleqedar bû ku yekîtiya axa Goiás biparêze û ji nû ve avakirina aboriyê. Di 1863 de Couto de Magalhães parêzgarê Goiás, daket Rio Araguaia. Wî armanc kir ku navîgasyon steam pêşve bibe û kolonîzekirina erdên li ser sînorê çem pêşve bibe. Gundên nû hatin avakirinDi encama vê însiyatîfê de, û navîgasyon steam li ser Araguaia zêde bû. Lêbelê, tenê van demên dawîn herêm ketiye nav aboriya neteweyî. Xizmeta Parastina Hindîyan (SPI) destûr da ku dewar xwedî bikin ku zeviyên ku bi çem re sînordar in dagir bikin, hêdî hêdî Hindistanên Karajá, Javaé, Tapirapé, û Avá (Canoeiros) tevlî bibin û di jiyana wan de gelek guhertin çêbibin, ji ber ku herêmên Hindistanê bûn. di demsala baranê de ji aliyê keriyên dewaran ve hatiye dagirkirin. Dema ku hukûmeta leşkerî di sala 1964-an de desthilatdarî girt, SPI ji hebûna xwe rawestiya, û Fundação Nacional do Indio (Weqfa Neteweyî ya Hindî, FUNAI) bi fonksiyonên wekhev hate afirandin. Raporên nivîskar, rêwiyan, xebatkarên hukûmetê û etnologan diyar dikin ku ji sedsalên heftemîn heta sedsalên bîstemîn kêmbûna nifûsê di nav Karajá de zêde bûye.