Có thể những tiếp xúc đầu tiên của Karajá với "nền văn minh" có từ cuối thế kỷ XVI và đầu thế kỷ XVII, khi các nhà thám hiểm bắt đầu đến Thung lũng Araguaia-Tocantins. Họ đến từ Sao Paulo bằng đường bộ hoặc đường sông của Lưu vực Parnaíba, tìm kiếm nô lệ và vàng của người da đỏ. Khi vàng được phát hiện ở Goiás vào khoảng năm 1725, những người khai thác từ một số vùng đã đến đó và thành lập các ngôi làng trong vùng. Chính những người da đỏ này đã phải chiến đấu để bảo vệ lãnh thổ, gia đình và tự do của họ. Một đồn quân sự được thành lập vào năm 1774 để tạo điều kiện thuận lợi cho việc điều hướng. Karajá và Javaé sống trên đồn được gọi là thuộc địa Nova Beira. Các thuộc địa khác được thành lập sau đó nhưng không có thuộc địa nào thành công. Người da đỏ phải thích nghi với lối sống mới và phải chịu nhiều bệnh truyền nhiễm khác nhau mà họ không có khả năng miễn dịch và không có cách điều trị.

Một giai đoạn thuộc địa mới bắt đầu ở Goiás khi các mỏ vàng cạn kiệt vào cuối thế kỷ 18. Với nền độc lập của Brazil, chính phủ bắt đầu quan tâm hơn đến việc duy trì sự thống nhất lãnh thổ của Goiás và tái cấu trúc nền kinh tế. Năm 1863 Couto de Magalhães thống đốc của Goiás, xuống Rio Araguaia. Ông dự định phát triển giao thông đường thủy bằng hơi nước và thúc đẩy quá trình thuộc địa hóa các vùng đất dọc theo biên giới của dòng sông. Làng mới được thành lậpkết quả của sáng kiến ​​​​này là việc vận chuyển bằng hơi nước đã tăng lên dọc theo Araguaia. Tuy nhiên, chỉ gần đây khu vực này mới được đưa vào nền kinh tế quốc gia. Dịch vụ Bảo vệ người da đỏ (SPI) cho phép những người chăn nuôi gia súc chiếm giữ các cánh đồng giáp sông, dần dần thu hút sự tham gia của người da đỏ Karajá, Javaé, Tapirapé và Avá (Canoeiros) và gây ra nhiều thay đổi trong cuộc sống của họ, vì các lãnh thổ của người da đỏ bị bị đàn gia súc xâm lấn vào mùa mưa. Khi chính phủ quân sự lên nắm quyền vào năm 1964, SPI không còn tồn tại và Fundação Nacional do Indio (Quỹ Ấn Độ Quốc gia, FUNAI) được thành lập với các chức năng tương tự. Báo cáo của các nhà văn, khách du lịch, nhân viên chính phủ và nhà dân tộc học cho thấy tình trạng giảm dân số nghiêm trọng của người Karajá từ thế kỷ XVII đến thế kỷ XX.