On todennäköistä, että Karaján ensimmäiset kontaktit "sivilisaatioon" ajoittuvat 1500-luvun lopulle ja 1600-luvun alkuun, jolloin tutkimusmatkailijat alkoivat saapua Araguaia-Tocantinsin laaksoon. He tulivat Sao Paulosta maitse tai Parnaíban altaan jokia pitkin etsien intiaaniorjia ja kultaa. Kun Goiásista löydettiin kultaa vuoden 1725 tienoilla, kaivostyöläiset useiltaalueille ja perustivat sinne kyliä. Näitä miehiä vastaan intiaanit joutuivat taistelemaan puolustaakseen aluettaan, perheitään ja vapauttaan. Vuonna 1774 perustettiin sotilasasema helpottamaan merenkulkua. Karajá ja Javaé asuivat asemalla, jota kutsuttiin Nova Beiran siirtokunnaksi. Myöhemmin perustettiin muitakin siirtokuntia, mutta yksikään niistä ei onnistunut. Intiaanien oli sopeuduttava uuteen tapaanHe olivat alttiita erilaisille tartuntataudeille, joihin heillä ei ollut immuniteettia ja joihin heillä ei ollut hoitoa.

Goiásissa alkoi uusi kolonisaatiovaihe, kun kultakaivokset ehtyivät 1700-luvun loppupuolella. Brasilian itsenäistymisen myötä hallitus kiinnostui enemmän Goiásin alueellisen yhtenäisyyden säilyttämisestä ja talouden uudelleenjärjestelyistä. Vuonna 1863 Goiásin kuvernööri Couto de Magalhães laski Rio Araguaiaa. Hänen tarkoituksenaan oli kehittää höyrylaivaliikennettä ja edistääjoen rannalla sijaitsevien maiden kolonisointi. Tämän aloitteen seurauksena perustettiin uusia kyliä, ja höyrylaivaliikenne lisääntyi Araguaiaa pitkin. Vasta viime aikoina alue on kuitenkin otettu mukaan kansantalouteen. Intiaanien suojelupalvelu (SPI) salli karjankasvattajien vallata jokea reunustavia peltoja, mikä vähitellen toi mukaan Karaján, Javaén,Tapirapé- ja Avá-intiaanien (Canoeiros) elämään ja aiheutti paljon muutoksia heidän elämässään, kun karjalaumat tunkeutuivat intiaanien alueille sadekauden aikana. Kun sotilashallitus otti vallan vuonna 1964, SPI lakkasi olemasta, ja perustettiin Fundação Nacional do Indio (Fundação Nacional do Indio, FUNAI), jolla oli samanlaiset tehtävät. Kirjailijoiden, matkailijoiden, hallituksen työntekijöiden jaetnologit viittaavat karajá-kansan voimakkaaseen väestökatoon 1600-luvulta 1900-luvulle.