Valószínű, hogy a karajá első kapcsolatai a "civilizációval" a XVI. század végére és a XVII. század elejére tehetőek, amikor felfedezők kezdtek érkezni az Araguaia-Tocantins-völgybe. Sao Paulóból érkeztek szárazföldön vagy a Parnaíba-medence folyóin, indián rabszolgák és arany után kutatva. Amikor 1725 körül aranyat fedeztek fel Goiás-ban, a bányászok számosrégiók felé vették az irányt, és falvakat alapítottak a térségben. Ezek ellen az indiánoknak harcolniuk kellett, hogy megvédjék területüket, családjukat és szabadságukat. 1774-ben katonai őrhelyet hoztak létre a hajózás megkönnyítésére. Karajá és Javaé az őrhelyen élt, amelyet Nova Beira kolóniának neveztek el. Később más kolóniákat is alapítottak, de egyik sem volt sikeres. Az indiánoknak alkalmazkodniuk kellett egy újfajtaaz életben, és különböző fertőző betegségeknek voltak kitéve, amelyekkel szemben nem rendelkeztek immunitással, és amelyek ellen nem volt gyógymód.

A gyarmatosítás új szakasza kezdődött Goiás-ban, amikor az aranybányák kimerültek a XVIII. század vége felé. Brazília függetlenségével a kormányzat egyre inkább érdekelt lett Goiás területi egységének megőrzésében és a gazdaság szerkezetátalakításában. 1863-ban Couto de Magalhães, Goiás kormányzója, leereszkedett a Rio Araguaia-ra. Szándéka volt a gőzhajózás fejlesztése és aa folyó mentén fekvő földek kolonizációja. Ennek a kezdeményezésnek köszönhetően új falvak jöttek létre, és az Araguaia mentén megnőtt a gőzhajózás. A régiót azonban csak a közelmúltban vonták be a nemzetgazdaságba. Az Indiánok Védelmének Szolgálata (SPI) engedélyezte, hogy a folyót szegélyező földeket szarvasmarhatenyésztők foglalják el, fokozatosan bevonva a Karaját, Javaé-t is,Tapirapé és Avá (Canoeiros) indiánokat, és sok változást okozott az életükben, mivel az indián területeket az esős évszakban a marhacsordák megszállták. 1964-ben, amikor a katonai kormány átvette a hatalmat, az SPI megszűnt létezni, és létrehozták a Fundação Nacional do Indio (Nemzeti Indián Alapítvány, FUNAI), hasonló funkciókkal. Az írók, utazók, kormányzati dolgozók, ésaz etnológusok a karaják körében a tizenhetedik századtól a huszadik századig tartó időszakban megfigyelhető elnéptelenedést jelzik.