Je pravděpodobné, že první kontakty Karajá s "civilizací" se datují do konce 16. a počátku 17. století, kdy do údolí Araguaia-Tocantins začali přicházet průzkumníci. Přicházeli ze Sao Paula po souši nebo po řekách povodí Parnaíba a hledali indiánské otroky a zlato. Když bylo kolem roku 1725 v Goiás objeveno zlato, přišli do údolí horníci z několikaregiony tam zamířili a založili v regionu vesnice. Právě proti těmto mužům museli indiáni bojovat, aby uhájili své území, rodiny a svobodu. V roce 1774 bylo zřízeno vojenské stanoviště, které mělo usnadnit plavbu. Na stanovišti, které se nazývalo kolonie Nova Beira, žili Karajá a Jávové. Později byly založeny další kolonie, ale žádná nebyla úspěšná. Indiáni se museli přizpůsobit novému způsobu života.života a byli vystaveni různým nakažlivým nemocem, proti kterým neměli imunitu a které se nedaly léčit.

Nová etapa kolonizace začala v Goiásu, když se ke konci 18. století vyčerpaly zlaté doly. Po získání brazilské nezávislosti se vláda začala více zajímat o zachování územní celistvosti Goiásu a o restrukturalizaci hospodářství. V roce 1863 Couto de Magalhães, guvernér Goiásu, sjel řeku Rio Araguaia. Měl v úmyslu rozvíjet parní plavbu a podporovatV důsledku této iniciativy byly založeny nové vesnice a podél řeky Araguaia se rozšířila paroplavba. Teprve v poslední době však byla oblast vtažena do národního hospodářství. Služba na ochranu indiánů (SPI) povolila chovatelům dobytka obsadit pole, která lemují řeku, a postupně zapojila Karajá, Javaé,Tapirapé a Avá (Canoeiros) a způsobila mnoho změn v jejich životě, protože indiánská území byla v období dešťů obsazena stády dobytka. Když se v roce 1964 ujala moci vojenská vláda, SPI přestala existovat a byla vytvořena Fundação Nacional do Indio (Národní indiánská nadace, FUNAI) s podobnými funkcemi. Zprávy spisovatelů, cestovatelů, státních zaměstnanců aetnologové uvádějí, že v období od 17. do 20. století docházelo u Karajů k výraznému úbytku obyvatelstva.