Kamungkinan kontak mimiti Karajá jeung "peradaban" tanggal nepi ka ahir abad sixteenth jeung awal seventeenth, nalika penjelajah mimiti anjog di Araguaia-Tocantins Valley. Aranjeunna sumping ti Sao Paulo ku darat atanapi ku walungan di Basin Parnaíba, milarian budak India sareng emas. Nalika emas kapanggih di Goiás sakitar 1725, panambang ti sababaraha daérah nuju ka dinya sareng ngadegkeun désa di daérah éta. Ieu ngalawan lalaki ieu nu India kudu tarung pikeun membela wewengkon maranéhanana, kulawarga, jeung kabebasan. Pos militér diadegkeun dina 1774 pikeun ngagampangkeun navigasi. Karajá sareng Javaé cicing di pos anu disebut koloni Nova Beira. Koloni séjén diadegkeun engké tapi teu aya anu suksés. Urang India kedah adaptasi kana cara hirup anu énggal sareng tunduk kana sagala rupa panyakit tepa anu aranjeunna henteu ngagaduhan kekebalan sareng henteu aya pangobatan.

Fase kolonisasi anyar dimimitian di Goiás nalika tambang emas béak nepi ka ahir abad ka-18. Kalayan kamerdékaan Brasil, pamaréntah janten langkung resep ngajaga persatuan wilayah Goiás sareng nyusun ulang ékonomi. Dina 1863 Couto de Magalhães gubernur Goiás, turunan Rio Araguaia. Anjeunna dimaksudkeun pikeun ngembangkeun navigasi uap jeung ngamajukeun kolonisasi lahan sapanjang wates walungan. Désa anyar diadegkeunsalaku hasil tina inisiatif ieu, sarta navigasi uap ngaronjat sapanjang Araguaia. Ngan ayeuna-ayeuna daérah éta ditarik kana ékonomi nasional. Service of Protection to the Indians (SPI) ngijinkeun peternak sapi pikeun nempatan sawah anu aya di wates walungan, laun-laun ngalibetkeun Karajá, Javaé, Tapirapé, jeung Avá (Canoeiros) India sarta ngabalukarkeun loba parobahan dina kahirupan maranéhanana, sakumaha wewengkon India éta. kaserang ku gerombolan sapi nalika usum hujan. Nalika pamaréntahan militér nyandak kakawasaan taun 1964, SPI teu aya, sareng Fundação Nacional do Indio (Yayasan India Nasional, FUNAI) didamel, sareng fungsi anu sami. Laporan panulis, wisatawan, pagawé pamaréntahan, sareng étnolog nunjukkeun depopulasi accentuated diantara Karajá ti abad ka tujuh belas nepi ka abad ka dua puluh.