این احتمال وجود دارد که اولین تماس‌های کراجا با "تمدن" به پایان قرن شانزدهم و آغاز قرن هفدهم برمی‌گردد، زمانی که کاشفان شروع به ورود به دره آراگوآیا-توکانتینز کردند. آنها از سائوپائولو از راه زمینی یا در کنار رودخانه های حوضه پارنایبا آمده بودند و به دنبال بردگان هندی و طلا بودند. هنگامی که طلا در گویاس در حدود سال 1725 کشف شد، معدنچیان از چندین منطقه به آنجا رفتند و دهکده هایی را در منطقه تأسیس کردند. در برابر این مردان بود که سرخپوستان مجبور شدند برای دفاع از قلمرو، خانواده و آزادی خود بجنگند. یک پست نظامی در سال 1774 برای تسهیل دریانوردی تأسیس شد. کراجا و جاوه در پستی زندگی می کردند که مستعمره نوا بیرا نام داشت. مستعمرات دیگر بعداً تأسیس شدند اما هیچ کدام موفقیت آمیز نبود. سرخپوستان مجبور بودند خود را با شیوه زندگی جدید وفق دهند و در معرض بیماری های مسری مختلفی قرار گرفتند که در برابر آنها هیچ مصونیتی نداشتند و هیچ درمانی برای آنها نداشتند.

مرحله جدیدی از استعمار در گویا هنگامی که معادن طلا در اواخر قرن هجدهم تمام شد آغاز شد. با استقلال برزیل، دولت بیشتر به حفظ وحدت ارضی گویا و تجدید ساختار اقتصاد علاقه مند شد. در سال 1863 Couto de Magalhães فرماندار گویاس، از Rio Araguaia پایین آمد. او قصد داشت دریانوردی بخار را توسعه دهد و به استعمار سرزمین های حاشیه رودخانه کمک کند. روستاهای جدیدی تأسیس شددر نتیجه این ابتکار، ناوبری بخار در امتداد Araguaia افزایش یافت. با این حال، اخیراً این منطقه به اقتصاد ملی کشیده شده است. سرویس حفاظت از سرخپوستان (SPI) به دامداران اجازه داد تا مزارع هم مرز با رودخانه را اشغال کنند و به تدریج سرخپوستان کراجا، جاوا، تاپیراپه و آوا (کانوئیروس) را درگیر کردند و تغییرات زیادی در زندگی آنها ایجاد کردند، همانطور که سرزمین های هندی بودند. مورد تهاجم گله های گاو در فصل بارندگی. هنگامی که دولت نظامی در سال 1964 قدرت را به دست گرفت، SPI وجود نداشت و Fundação Nacional do Indio (بنیاد ملی هند، FUNAI) با عملکردهای مشابه ایجاد شد. گزارش های نویسندگان، مسافران، کارمندان دولت و قوم شناسان حاکی از کاهش شدید جمعیت کراجه از قرن هفدهم تا بیستم است.