Prawdopodobnie pierwsze kontakty Karajá z "cywilizacją" datuje się na koniec XVI wieku i początek XVII wieku, kiedy odkrywcy zaczęli przybywać do doliny Araguaia-Tocantins. Przybyli z Sao Paulo drogą lądową lub rzekami dorzecza Parnaíba, szukając indiańskich niewolników i złota. Kiedy złoto zostało odkryte w Goiás około 1725 roku, górnicy z kilkuTo właśnie przeciwko tym ludziom Indianie musieli walczyć w obronie swojego terytorium, rodzin i wolności. W 1774 r. założono posterunek wojskowy, aby ułatwić żeglugę. Karajá i Javaé mieszkali na posterunku, który nazwano kolonią Nova Beira. Później założono inne kolonie, ale żadna nie odniosła sukcesu. Indianie musieli dostosować się do nowego sposobu życia.życia i byli narażeni na różne choroby zakaźne, na które nie mieli odporności i na które nie mieli leczenia.

Nowa faza kolonizacji rozpoczęła się w Goiás, gdy kopalnie złota wyczerpały się pod koniec XVIII w. Wraz z uzyskaniem przez Brazylię niepodległości, rząd stał się bardziej zainteresowany zachowaniem jedności terytorialnej Goiás i restrukturyzacją gospodarki. W 1863 r. Couto de Magalhães, gubernator Goiás, zszedł z Rio Araguaia. Zamierzał rozwinąć żeglugę parową i promowaćW wyniku tej inicjatywy powstały nowe wioski, a żegluga parowa wzdłuż Araguaia wzrosła. Jednak dopiero niedawno region został wciągnięty w gospodarkę narodową. Służba Ochrony Indian (SPI) zezwoliła hodowcom bydła na zajmowanie pól graniczących z rzeką, stopniowo angażując Karajá, Javaé,Kiedy rząd wojskowy przejął władzę w 1964 r., SPI przestało istnieć i utworzono Fundação Nacional do Indio (Narodową Fundację Indian, FUNAI), która pełniła podobne funkcje. Raporty pisarzy, podróżników, pracowników rządowych i innych osób związanych z Indianami zostały opublikowane w Internecie.Etnolodzy wskazują na zaakcentowane wyludnienie wśród Karajá od XVII do XX wieku.