カラジャ族と「文明」との最初の接触は、アラグアイア・トカンチンス渓谷に探検家が到着し始めた16世紀末から17世紀初頭のことであろう。 彼らはサンパウロから陸路やパルナイバ盆地の河川を利用して、インディアンの奴隷や金を探しにやってきた。 1725年頃にゴイアスで金が発見されると、いくつかの国から鉱夫が集まった。1774年、航海を容易にするための軍事基地が設置された。 カラジャとジャヴァエは、ノヴァ・ベイラ植民地と呼ばれるこの基地に住んでいた。 その後、他の植民地も設立されたが、いずれも成功しなかった。 インディオは、新しい方法に適応しなければならなかった。そして、免疫も治療法もないさまざまな伝染病にかかった。

18世紀末に金鉱が枯渇すると、ゴイアスでは植民地化の新たな段階が始まった。 ブラジルの独立に伴い、政府はゴイアスの領土の統一を維持し、経済を再建することに関心を持つようになった。 1863年、ゴイアス州知事クート・デ・マガリャンエスがリオ・アラグアイアを下った。 彼は蒸気航法を開発し、その普及を図ろうとした。その結果、アラグアイア川沿いに新たな村が建設され、蒸気航行が増加した。 しかし、この地域が国家経済に組み込まれるようになったのは、ごく最近のことである。 インディオ保護局（SPI）は、アラグアイア川に接する畑を牧畜業者が占有することを許可し、次第にカラジャ族、ジャワエ族を巻き込んでいった、1964年に軍事政権が誕生すると、SPIは消滅し、同様の機能を持つFundação Nacional do Indio (National Indian Foundation, FUNAI)が設立されました。民族学者たちは、17世紀から20世紀にかけてカラジャ族の過疎化が顕著であったことを示している。