من المحتمل أن أولى اتصالات كاراجا مع "الحضارة" تعود إلى نهاية القرن السادس عشر وبداية القرن السابع عشر ، عندما بدأ المستكشفون في الوصول إلى وادي أراغوايا توكانتينز. جاءوا من ساو باولو عن طريق البر أو على أنهار حوض بارنيبا ، باحثين عن العبيد والذهب الهنود. عندما تم اكتشاف الذهب في غوياس حوالي عام 1725 ، توجه عمال المناجم من عدة مناطق إلى هناك وأسسوا قرى في المنطقة. كان على الهنود القتال ضد هؤلاء الرجال للدفاع عن أراضيهم وعائلاتهم وحريتهم. تم إنشاء نقطة عسكرية في عام 1774 لتسهيل الملاحة. عاش كاراجا وجافا في الموقع الذي كان يسمى مستعمرة نوفا بيرا. تم إنشاء مستعمرات أخرى في وقت لاحق ولكن لم ينجح أي منها. كان على الهنود أن يتكيفوا مع أسلوب حياة جديد وكانوا عرضة لمختلف الأمراض المعدية التي لم يكن لديهم مناعة ضدها ولم يتلقوا علاجًا لها.

بدأت مرحلة جديدة من الاستعمار في غوياس عندما استنفدت مناجم الذهب في نهاية القرن الثامن عشر. مع استقلال البرازيل ، أصبحت الحكومة أكثر اهتمامًا بالحفاظ على الوحدة الإقليمية لغوياس وإعادة هيكلة الاقتصاد. في عام 1863 ، نزل حاكم Couto de Magalhães من Goiás ، ريو أراغوايا. كان ينوي تطوير الملاحة البخارية وتعزيز استعمار الأراضي على طول حدود النهر. تم إنشاء قرى جديدةنتيجة لهذه المبادرة ، ازدادت الملاحة البخارية على طول نهر أراجوايا. ومع ذلك ، لم يتم جذب المنطقة إلى الاقتصاد الوطني إلا مؤخرًا. سمحت خدمة حماية الهنود (SPI) لمربي الماشية باحتلال الحقول المتاخمة للنهر ، بما في ذلك تدريجيًا الهنود كاراجا ، وجاافي ، وتابيرابي ، وآفا (كانوييروس) ، مما تسبب في تغيير كبير في حياتهم ، كما كانت الأراضي الهندية. غزتها قطعان الماشية خلال موسم الأمطار. عندما تولت الحكومة العسكرية السلطة في عام 1964 ، لم يعد SPI موجودًا ، وتم إنشاء Fundação Nacional do Indio (المؤسسة الوطنية الهندية ، FUNAI) ، مع وظائف مماثلة. تشير تقارير الكتاب والمسافرين والعاملين في الحكومة وعلماء الأعراق البشرية إلى انخفاض حاد في عدد السكان بين كاراجا من القرن السابع عشر إلى القرن العشرين.