Mae'n debyg bod cysylltiadau cyntaf y Karajá â "gwareiddiad" yn dyddio o ddiwedd yr unfed ganrif ar bymtheg a dechrau'r ail ar bymtheg, pan ddechreuodd fforwyr gyrraedd Dyffryn Araguaia-Tocantins. Daethant o Sao Paulo ar dir neu ar lan afonydd Basn Parnaíba, yn chwilio am gaethweision Indiaidd ac aur. Pan ddarganfuwyd aur yn Goiás tua 1725, aeth glowyr o sawl rhanbarth yno a sefydlu pentrefi yn y rhanbarth. Yn erbyn y dynion hyn y bu raid i'r Indiaid ymladd i amddiffyn eu tiriogaeth, eu teuluoedd, a'u rhyddid. Sefydlwyd swydd filwrol yn 1774 i hwyluso mordwyo. Roedd Karajá a Javaé yn byw ar y postyn a elwid yn drefedigaeth Nova Beira. Sefydlwyd cytrefi eraill yn ddiweddarach ond ni fu'r un ohonynt yn llwyddiannus. Roedd yn rhaid i'r Indiaid addasu i ffordd newydd o fyw ac roeddent yn agored i amrywiol glefydau heintus nad oedd ganddynt imiwnedd iddynt ac na chawsant unrhyw driniaeth ar eu cyfer.

Dechreuodd cyfnod newydd o wladychu yn Goiás pan ddaeth y mwyngloddiau aur i ben tua diwedd y ddeunawfed ganrif. Gydag annibyniaeth Brasil, datblygodd y llywodraeth fwy o ddiddordeb mewn cadw undod tiriogaethol Goiás ac ailstrwythuro'r economi. Ym 1863 disgynnodd Couto de Magalhães, llywodraethwr Goiás, i'r Rio Araguaia. Bwriadai ddatblygu mordwyaeth ager a hybu gwladychu tiroedd ar hyd ffin yr afon. Sefydlwyd pentrefi newyddo ganlyniad i'r fenter hon, a chynyddodd llywio ager ar hyd yr Araguaia. Dim ond yn ddiweddar y mae’r rhanbarth wedi’i dynnu i mewn i’r economi genedlaethol, fodd bynnag. Caniataodd Gwasanaeth Gwarchod yr Indiaid (SPI) i godwyr gwartheg feddiannu'r caeau sy'n ffinio â'r afon, gan gynnwys Indiaid Karajá, Javaé, Tapirapé ac Avá (Canoeiros) yn raddol ac achosi llawer o newid yn eu bywydau, fel yr oedd y tiriogaethau Indiaidd. cael eu goresgyn gan y buchesi yn ystod y tymor glawog. Pan ddaeth y llywodraeth filwrol i rym ym 1964, daeth yr SPI i ben, a chrëwyd y Fundação Nacional do Indio (Sefydliad Cenedlaethol India, FUNAI), gyda swyddogaethau tebyg. Mae adroddiadau am awduron, teithwyr, gweithwyr y llywodraeth, ac ethnolegwyr yn nodi diboblogi dwysach ymhlith y Karajá o'r ail ganrif ar bymtheg i'r ugeinfed ganrif.