Karajá와 "문명"의 첫 접촉은 탐험가들이 Araguaia-Tocantins Valley에 도착하기 시작한 16세기 말과 17세기 초로 거슬러 올라갑니다. 그들은 인도 노예와 금을 찾아 육로나 파르나이바 분지의 강가에서 상파울루에서 왔습니다. 1725년경 고이아스에서 금이 발견되자 여러 지역의 광부들이 그곳으로 모여들어 마을을 세웠습니다. 인디언들이 자신들의 영토, 가족, 자유를 지키기 위해 싸워야 했던 것은 바로 이들에 대항한 사람들이었습니다. 항해를 용이하게 하기 위해 1774년에 군 초소가 설립되었습니다. Karajá와 Javaé는 Nova Beira 식민지라고 불리는 포스트에서 살았습니다. 다른 식민지는 나중에 설립되었지만 성공한 것은 없었습니다. 인디언들은 새로운 생활 방식에 적응해야 했고 면역력이 없고 치료할 수 없는 각종 전염병에 시달렸습니다.

18세기 말 금광이 고갈되면서 고이아스에서 식민지화의 새로운 국면이 시작되었습니다. 브라질 독립과 함께 정부는 고이아스의 영토 통합을 유지하고 경제를 재편하는 데 더 많은 관심을 갖게 되었습니다. 1863년 Goiás의 Couto de Magalhães 총독은 Rio Araguaia의 후손이었습니다. 그는 증기 항해를 개발하고 강 경계를 따라 토지의 식민지화를 촉진하려고 했습니다. 새로운 마을이 설립되었습니다.이 이니셔티브의 결과로 Araguaia를 따라 증기 항해가 증가했습니다. 그러나 최근에야 이 지역이 국가 경제에 편입되었습니다. 인디언에 대한 보호 서비스(SPI)는 소 사육자들이 강과 접해 있는 들판을 점유할 수 있도록 허용했으며 점차적으로 Karajá, Javaé, Tapirapé 및 Avá(Canoeiros) 인디언을 포함하고 그들의 삶에 많은 변화를 가져왔습니다. 장마철에 소떼의 습격을 받습니다. 1964년 군사정권이 집권하자 SPI는 더 이상 존재하지 않게 되었고 유사한 기능을 가진 Fundação Nacional do Indio(National Indian Foundation, FUNAI)가 설립되었습니다. 작가, 여행가, 공무원, 민족학자의 보고에 따르면 17세기부터 20세기까지 카라자족의 인구 감소가 두드러졌다.