Het is waarschijnlijk dat de eerste contacten van de Karajá met de "beschaving" dateren van het einde van de zestiende en het begin van de zeventiende eeuw, toen ontdekkingsreizigers in de Araguaia-Tocantins-vallei begonnen aan te komen. Ze kwamen vanuit Sao Paulo over land of via de rivieren van het Parnaíba-bekken, op zoek naar Indiaanse slaven en goud. Toen er rond 1725 goud werd ontdekt in Goiás, kwamen mijnwerkers uit verschillende landen naar de vallei.streken en stichtten dorpen in de regio. Tegen deze mannen moesten de indianen vechten om hun grondgebied, families en vrijheid te verdedigen. In 1774 werd er een militaire post opgericht om de scheepvaart te vergemakkelijken. Karajá en Javaé woonden op de post die de kolonie Nova Beira werd genoemd. Later werden er nog andere kolonies gesticht, maar geen enkele was succesvol. De indianen moesten zich aanpassen aan een nieuwe manier van leven.van het leven en waren ze onderhevig aan verschillende besmettelijke ziekten waartegen ze geen immuniteit hadden en waarvoor ze geen behandeling hadden.

Een nieuwe fase van kolonisatie begon in Goiás toen de goudmijnen tegen het einde van de achttiende eeuw uitgeput raakten. Met de Braziliaanse onafhankelijkheid werd de regering meer geïnteresseerd in het behoud van de territoriale eenheid van Goiás en het herstructureren van de economie. In 1863 daalde Couto de Magalhães, gouverneur van Goiás, de Rio Araguaia af. Hij was van plan om de stoomvaart te ontwikkelen en om de bevordering vanEr werden nieuwe dorpen gesticht als gevolg van dit initiatief en de stoomvaart nam toe langs de Araguaia. Pas recentelijk werd de regio echter bij de nationale economie betrokken. De Dienst Bescherming Indianen (SPI) stond veehouders toe om de velden langs de rivier te bezetten, waarbij geleidelijk de Karajá, Javaé, werd betrokken,Tapirapé, en Avá (Canoeiros) Indianen en veroorzaakte veel verandering in hun leven, omdat de Indiaanse gebieden tijdens het regenseizoen werden binnengevallen door de kuddes vee. Toen de militaire regering in 1964 de macht overnam, hield de SPI op te bestaan en werd de Fundação Nacional do Indio (Nationale Indiaanse Stichting, FUNAI) opgericht, met vergelijkbare functies. Verslagen van schrijvers, reizigers, overheidsmedewerkers enetnologen wijzen op een geaccentueerde ontvolking onder de Karajá van de zeventiende tot de twintigste eeuw.