Prvi stiki Karajájev s "civilizacijo" verjetno segajo v konec 16. in začetek 17. stoletja, ko so v dolino Araguaia-Tocantins začeli prihajati raziskovalci. Prihajali so iz Sao Paula po kopnem ali po rekah porečja Parnaíba ter iskali indijanske sužnje in zlato. ko so okoli leta 1725 v Goiásu odkrili zlato, so rudarji iz več krajev začeli iskati indijanske sužnje.Indijanci so se morali boriti proti njim, da bi ubranili svoje ozemlje, družine in svobodo. Leta 1774 je bila ustanovljena vojaška postojanka, da bi olajšali plovbo. Na njej sta živela Karajá in Javaé, imenovana kolonija Nova Beira. Pozneje so bile ustanovljene še druge kolonije, vendar nobena ni bila uspešna. Indijanci so se morali prilagoditi novemu načinu življenja.življenja in so bili izpostavljeni različnim nalezljivim boleznim, proti katerim niso bili odporni in jih niso mogli zdraviti.

Nova faza kolonizacije se je v Goiásu začela, ko so proti koncu 18. stoletja izčrpali rudnike zlata. Z brazilsko neodvisnostjo se je vlada začela bolj zanimati za ohranitev ozemeljske enotnosti Goiása in prestrukturiranje gospodarstva. leta 1863 se je Couto de Magalhães, guverner Goiása, spustil po reki Rio Araguaia. nameraval je razviti parno plovbo in spodbujatizaradi te pobude so nastale nove vasi, ob reki Araguaia pa se je povečala plovba s parnikom. šele pred kratkim je bila regija vključena v nacionalno gospodarstvo. služba za zaščito Indijancev (SPI) je dovolila živinorejcem, da zasedejo polja, ki mejijo na reko, in postopoma vključila Karajá, Javaé,Ko je leta 1964 oblast prevzela vojaška vlada, je SPI prenehal obstajati, ustanovljena pa je bila Fundação Nacional do Indio (Nacionalna fundacija za Indijance, FUNAI), ki je imela podobne naloge.etnologi navajajo, da se je med sedemnajstim in dvajsetim stoletjem med Karajami pojavilo izrazito upadanje števila prebivalcev.