Este probabil ca primele contacte ale Karajá cu "civilizația" să dateze de la sfârșitul secolului al XVI-lea și începutul secolului al XVII-lea, când exploratorii au început să sosească în Valea Araguaia-Tocantins. Aceștia veneau din Sao Paulo pe uscat sau pe râurile din bazinul Parnaíba, în căutare de sclavi indieni și de aur. Când s-a descoperit aur în Goiás, în jurul anului 1725, mineri din mai multe țări au venit din mai multe țări.regiuni s-au îndreptat acolo și au fondat sate în regiune. Împotriva acestor oameni, indienii au trebuit să lupte pentru a-și apăra teritoriul, familiile și libertatea. În 1774 a fost înființat un post militar pentru a facilita navigația. Karajá și Javaé au trăit în acest post care a fost numit colonia Nova Beira. Alte colonii au fost fondate ulterior, dar niciuna nu a avut succes. Indienii au trebuit să se adapteze la un nou mod de viațăde viață și erau supuși la diverse boli contagioase la care nu aveau imunitate și pentru care nu aveau tratament.

O nouă fază a colonizării a început în Goiás când minele de aur s-au epuizat spre sfârșitul secolului al XVIII-lea. Odată cu independența Braziliei, guvernul a devenit mai interesat de păstrarea unității teritoriale a Goiás și de restructurarea economiei. În 1863, Couto de Magalhães guvernatorul Goiás, a coborât Rio Araguaia. El intenționa să dezvolte navigația cu aburi și să promovezecolonizarea terenurilor de-a lungul graniței râului. Noi sate au fost fondate ca urmare a acestei inițiative, iar navigația cu aburi a crescut de-a lungul râului Araguaia. Cu toate acestea, abia recent regiunea a fost atrasă în economia națională. Serviciul de protecție a indienilor (SPI) a permis crescătorilor de vite să ocupe câmpurile care mărginesc râul, implicând treptat Karajá, Javaé,Tapirapé și Avá (Canoeiros) și provocând multe schimbări în viața lor, deoarece teritoriile indienilor erau invadate de turmele de vite în timpul sezonului ploios. Când guvernul militar a preluat puterea în 1964, SPI a încetat să mai existe și a fost creată Fundația Națională a Indiilor (FUNAI), cu funcții similare. Rapoartele scriitorilor, călătorilor, lucrătorilor guvernamentali șietnologii indică o depopulare accentuată în rândul Karajá între secolele XVII și XX.