Il est probable que les premiers contacts des Karajá avec la "civilisation" remontent à la fin du XVIe siècle et au début du XVIIe, lorsque des explorateurs commencèrent à arriver dans la vallée de l'Araguaia-Tocantins. Ils venaient de Sao Paulo par voie terrestre ou par les rivières du bassin du Parnaíba, à la recherche d'esclaves indiens et d'or. Lorsque l'on découvrit de l'or à Goiás vers 1725, des mineurs venus de plusieurs pays de l'Amérique du Sud s'installèrent dans la région pour chercher de l'or.C'est contre ces hommes que les Indiens ont dû se battre pour défendre leur territoire, leurs familles et leur liberté. Un poste militaire a été établi en 1774 pour faciliter la navigation. Karajá et Javaé ont vécu sur ce poste qui a été appelé la colonie de Nova Beira. D'autres colonies ont été fondées par la suite mais aucune n'a réussi. Les Indiens ont dû s'adapter à un nouveau mode de vie.de vie et étaient sujets à diverses maladies contagieuses contre lesquelles ils n'étaient pas immunisés et pour lesquelles ils ne disposaient d'aucun traitement.

Une nouvelle phase de colonisation commença à Goiás lorsque les mines d'or s'épuisèrent vers la fin du XVIIIe siècle. Avec l'indépendance du Brésil, le gouvernement s'intéressa davantage à la préservation de l'unité territoriale de Goiás et à la restructuration de l'économie. En 1863, Couto de Magalhães, gouverneur de Goiás, descendit le Rio Araguaia. Il avait l'intention de développer la navigation à vapeur et de promouvoir le développement de l'agriculture et de l'élevage.De nouveaux villages ont été fondés grâce à cette initiative et la navigation à vapeur s'est développée le long de l'Araguaia. Ce n'est que récemment que la région a été intégrée à l'économie nationale. Le Service de protection des Indiens (SPI) a permis aux éleveurs de bétail d'occuper les champs qui bordent le fleuve, impliquant progressivement les Karajá, les Javaé,Tapirapé et Avá (Canoeiros), ce qui entraîna de nombreux changements dans leur vie, les territoires indiens étant envahis par les troupeaux de bétail pendant la saison des pluies. Lorsque le gouvernement militaire prit le pouvoir en 1964, le SPI cessa d'exister et la Fundação Nacional do Indio (Fondation nationale de l'Indien, FUNAI) fut créée, avec des fonctions similaires. Les rapports d'écrivains, de voyageurs, d'employés du gouvernement et de représentants de la société civile ont été publiés dans les journaux.Les ethnologues indiquent une dépopulation accentuée chez les Karajá entre le XVIIe et le XXe siècle.