Det är troligt att karajáernas första kontakter med "civilisationen" härrör från slutet av 1500-talet och början av 1600-talet, då upptäcktsresande började anlända till Araguaia-Tocantinsdalen. De kom från Sao Paulo landvägen eller via floderna i Parnaíba-bassängen på jakt efter indianslavar och guld. När guld upptäcktes i Goiás omkring 1725, kom gruvarbetare från fleraoch grundade byar i regionen. Det var mot dessa män som indianerna var tvungna att kämpa för att försvara sitt territorium, sina familjer och sin frihet. En militärpostering upprättades 1774 för att underlätta navigering. Karajá och Javaé bodde på posten som kallades Nova Beira-kolonin. Andra kolonier grundades senare men ingen blev framgångsrik. Indianerna var tvungna att anpassa sig till ett nytt sättDe var utsatta för olika smittsamma sjukdomar som de inte var immuna mot och som de inte hade någon behandling för.

En ny fas av kolonisering inleddes i Goiás när guldgruvorna var uttömda mot slutet av 1700-talet. När Brasilien blev självständigt blev regeringen mer intresserad av att bevara Goiás territoriella enhet och omstrukturera ekonomin. 1863 åkte Couto de Magalhães, guvernör i Goiás, nerför Rio Araguaia. Han ville utveckla ångsjöfarten och främjaNya byar grundades som ett resultat av detta initiativ, och ångbåtstrafiken ökade längs Araguaia. Det är dock först på senare tid som regionen har dragits in i den nationella ekonomin. Tjänsten för skydd av indianerna (SPI) tillät boskapsuppfödare att ockupera de fält som gränsar till floden, vilket gradvis involverade Karajá, Javaé,Tapirapé, och Avá (Canoeiros) indianerna och orsakade stora förändringar i deras liv, eftersom de indianska territorierna invaderades av boskapshjordarna under regnperioden. När den militära regeringen tog makten 1964 upphörde SPI att existera, och Fundação Nacional do Indio (National Indian Foundation, FUNAI) skapades, med liknande funktioner. Rapporter från författare, resenärer, regeringsanställda ochEtnologer visar på en ökad avfolkning bland Karajá från det sjuttonde till det tjugonde århundradet.