Es ist wahrscheinlich, dass die ersten Kontakte der Karajá mit der "Zivilisation" auf das Ende des sechzehnten und den Beginn des siebzehnten Jahrhunderts zurückgehen, als Entdecker aus Sao Paulo auf dem Landweg oder über die Flüsse des Parnaíba-Beckens in das Araguaia-Tocantins-Tal kamen, um nach indianischen Sklaven und Gold zu suchen. Als um 1725 in Goiás Gold entdeckt wurde, kamen Bergleute aus mehrerenGegen diese Männer mussten die Indianer kämpfen, um ihr Territorium, ihre Familien und ihre Freiheit zu verteidigen. 1774 wurde ein Militärposten eingerichtet, um die Schifffahrt zu erleichtern. Karajá und Javaé lebten auf diesem Posten, der Nova Beira-Kolonie genannt wurde. Später wurden weitere Kolonien gegründet, aber keine war erfolgreich. Die Indianer mussten sich an eine neue Lebensweise anpassen.und waren verschiedenen ansteckenden Krankheiten ausgesetzt, gegen die sie nicht immun waren und für die es keine Behandlung gab.

Als die Goldminen gegen Ende des achtzehnten Jahrhunderts erschöpft waren, begann in Goiás eine neue Phase der Kolonisierung. Mit der brasilianischen Unabhängigkeit wurde die Regierung stärker daran interessiert, die territoriale Einheit von Goiás zu erhalten und die Wirtschaft umzustrukturieren. 1863 stieg Couto de Magalhães, Gouverneur von Goiás, den Rio Araguaia hinab. Er beabsichtigte, die Dampfschifffahrt zu entwickeln und dieDurch diese Initiative wurden neue Dörfer gegründet, und die Dampfschifffahrt auf dem Araguaia nahm zu. Erst in jüngster Zeit wurde die Region in die nationale Wirtschaft einbezogen. Der Dienst für den Schutz der Indianer (SPI) erlaubte Viehzüchtern, die Felder entlang des Flusses zu besetzen, wobei nach und nach die Karajá, Javaé, einbezogen wurden,Tapirapé- und Avá-Indianer (Canoeiros) und führte zu großen Veränderungen in ihrem Leben, da die indianischen Gebiete während der Regenzeit von den Viehherden überrannt wurden. Als die Militärregierung 1964 die Macht übernahm, hörte die SPI auf zu existieren, und die Fundação Nacional do Indio (Nationale Indianerstiftung, FUNAI) wurde mit ähnlichen Aufgaben gegründet. Berichte von Schriftstellern, Reisenden, Regierungsmitarbeitern undEthnologen weisen auf eine verstärkte Entvölkerung der Karajá zwischen dem siebzehnten und zwanzigsten Jahrhundert hin.