Je pravdepodobné, že prvé kontakty Karajá s "civilizáciou" sa datujú na koniec 16. a začiatok 17. storočia, keď do údolia Araguaia-Tocantins začali prichádzať prieskumníci. Prichádzali zo Sao Paula po súši alebo po riekach povodia Parnaíba a hľadali indiánskych otrokov a zlato. Keď bolo okolo roku 1725 objavené zlato v Goiás, baníci z viacerýchPráve proti týmto mužom museli Indiáni bojovať, aby ubránili svoje územie, rodiny a slobodu. V roku 1774 bola zriadená vojenská kolónia, ktorá mala uľahčiť plavbu. Na kolónii, ktorá sa nazývala kolónia Nova Beira, žili Karajá a Javaé. Neskôr boli založené ďalšie kolónie, ale žiadna nebola úspešná. Indiáni sa museli prispôsobiť novému spôsobuživota a boli vystavení rôznym nákazlivým chorobám, voči ktorým nemali imunitu a ktoré sa nedali liečiť.

Nová etapa kolonizácie sa v Goiáse začala, keď sa koncom 18. storočia vyčerpali zlaté bane. Po získaní brazílskej nezávislosti sa vláda začala viac zaujímať o zachovanie územnej jednoty Goiásu a reštrukturalizáciu hospodárstva. V roku 1863 Couto de Magalhães, guvernér Goiásu, spustil Rio Araguaia. Mal v úmysle rozvíjať parnú plavbu a podporovaťV dôsledku tejto iniciatívy boli založené nové dediny a zvýšila sa parná plavba pozdĺž rieky Araguaia. Len nedávno však bol tento región vtiahnutý do národného hospodárstva. Služba na ochranu indiánov (SPI) povolila chovateľom dobytka obsadiť polia, ktoré hraničia s riekou, čím sa postupne zapojila Karajá, Javaé,Tapirapé a Avá (Canoeiros) a spôsobila mnohé zmeny v ich živote, keďže na indiánske územia v období dažďov prenikali stáda dobytka. Keď sa v roku 1964 ujala moci vojenská vláda, SPI prestala existovať a vznikla Fundação Nacional do Indio (Národná indiánska nadácia, FUNAI) s podobnými funkciami. Správy spisovateľov, cestovateľov, vládnych pracovníkov aetnológovia poukazujú na zvýraznené vyľudňovanie Karajov od sedemnásteho do dvadsiateho storočia.