Вероятно първите контакти на караджа с "цивилизацията" датират от края на XVI и началото на XVII в., когато в долината Арагуая-Токантинс започват да пристигат изследователи. те идват от Сао Пауло по суша или по реките на басейна на Парнайба, търсейки индиански роби и злато. когато около 1725 г. в Гояс е открито злато, миньори от няколкоСрещу тези хора индианците трябвало да се борят, за да защитят територията, семействата и свободата си. През 1774 г. бил създаден военен пост, за да се улесни корабоплаването. Караджа и Явае живеели на поста, който бил наречен колония Нова Бейра. По-късно били основани и други колонии, но нито една не била успешна. Индианците трябвало да се адаптират към нов начин на живот.на живот и са били подложени на различни заразни болести, срещу които не са имали имунитет и които не са могли да лекуват.

Нов етап на колонизация започва в Гояс, когато златните мини се изчерпват към края на XVIII в. С обявяването на независимостта на Бразилия правителството започва да се интересува повече от запазването на териториалното единство на Гояс и от преструктурирането на икономиката. През 1863 г. Куто де Магаляеш, губернатор на Гояс, слиза на река Рио Арагуая. Той възнамерява да развие параходството и да насърчиколонизация на земите по границата на реката. в резултат на тази инициатива са основани нови села, а параходството по Арагуая се засилва. едва наскоро обаче регионът е привлечен към националната икономика. службата за защита на индианците (SPI) разрешава на животновъдите да заемат полетата, които граничат с реката, като постепенно въвлича караджа, явае,Когато през 1964 г. на власт идва военното правителство, SPI престава да съществува и е създадена Fundação Nacional do Indio (Национална фондация за индианците, FUNAI), която има сходни функции.етнолозите посочват, че от XVII до XX в. сред караджанците се наблюдава засилено обезлюдяване.