Веројатно е дека првите контакти на Караја со „цивилизацијата“ датираат од крајот на шеснаесеттиот век и почетокот на седумнаесеттиот, кога истражувачите почнале да пристигнуваат во долината Арагуаја-Токантинс. Тие дојдоа од Сао Паоло по копно или покрај реките на басенот Парнаиба, барајќи индиски робови и злато. Кога златото било откриено во Гојас околу 1725 година, рударите од неколку региони се упатиле таму и основале села во регионот. Токму против овие луѓе, Индијанците мораа да се борат за да ја одбранат својата територија, семејства и слобода. Во 1774 година е основана воена станица за да се олесни навигацијата. Караја и Јавае живееја на местото наречено колонија Нова Беира. Други колонии биле основани подоцна, но ниту една не била успешна. Индијците морале да се прилагодат на новиот начин на живот и биле подложни на разни заразни болести на кои немале имунитет и за кои немале никаков третман.

Нова фаза на колонизација започна во Гојаш кога рудниците за злато се исцрпени кон крајот на осумнаесеттиот век. Со бразилската независност, владата стана позаинтересирана за зачувување на територијалното единство на Гојаш и реструктуирање на економијата. Во 1863 година, гувернерот на Гојас, Куто де Магалхаес, се спуштил на Рио Арагваја. Тој имал намера да развие парна навигација и да промовира колонизација на земји долж границата на реката. Основани се нови селакако резултат на оваа иницијатива, и парната навигација се зголеми долж Арагваја. Меѓутоа, само неодамна регионот е вовлечен во националната економија. Службата за заштита на Индијанците (SPI) им дозволи на одгледувачите на говеда да ги окупираат полињата што се граничат со реката, постепено вклучувајќи ги Индијанците Караја, Јавае, Тапирапе и Ава (Каноеирос) и предизвикувајќи многу промени во нивните животи, како што беа индиските територии. нападнати од стадата говеда за време на дождовната сезона. Кога воената влада ја презеде власта во 1964 година, SPI престана да постои и беше создадена Fundação Nacional do Indio (Национална индиска фондација, FUNAI), со слични функции. Извештаите на писатели, патници, владини работници и етнолози укажуваат на нагласена депопулација меѓу Караја од седумнаесеттиот до дваесеттиот век.