Vjerojatno je da prvi kontakti Karajá s "civilizacijom" potječu s kraja šesnaestog stoljeća i početka sedamnaestog, kada su istraživači počeli pristizati u dolinu Araguaia-Tocantins. Dolazili su iz Sao Paula kopnom ili rijekama u slivu Parnaíba, tražeći indijanske robove i zlato. Kad je oko 1725. u Goiásu otkriveno zlato, rudari iz nekoliko regija uputili su se tamo i osnovali sela u regiji. Protiv tih muškaraca Indijanci su se morali boriti kako bi obranili svoj teritorij, obitelji i slobodu. Vojna postaja uspostavljena je 1774. radi lakše plovidbe. Karajá i Javaé živjeli su na mjestu koje se zvalo kolonija Nova Beira. Kasnije su osnovane i druge kolonije, ali nijedna nije bila uspješna. Indijanci su se morali prilagoditi novom načinu života i bili su podložni raznim zaraznim bolestima na koje nisu imali imunitet i za koje nisu imali nikakvo liječenje.

Nova faza kolonizacije započela je u Goiásu kada su rudnici zlata bili iscrpljeni krajem osamnaestog stoljeća. Sa brazilskom neovisnošću, vlada je postala zainteresiranija za očuvanje teritorijalnog jedinstva Goiása i restrukturiranje gospodarstva. Godine 1863. Couto de Magalhães, guverner Goiása, spustio se rijekom Rio Araguaia. Namjeravao je razviti parnu plovidbu i promicati kolonizaciju zemalja duž granice rijeke. Osnovana su nova selakao rezultat ove inicijative, povećala se plovidba parom duž Araguaije. Međutim, regija je tek nedavno uvučena u nacionalno gospodarstvo. Služba za zaštitu Indijanaca (SPI) dopustila je stočarima da zauzmu polja koja graniče s rijekom, postupno uključivši Indijance Karajá, Javaé, Tapirapé i Avá (Canoeiros) i uzrokujući mnogo promjena u njihovim životima, jer su indijanski teritoriji bili napadaju stada stoke tijekom kišne sezone. Kada je vojna vlada preuzela vlast 1964., SPI je prestao postojati, a osnovana je Fundação Nacional do Indio (Nacionalna indijska zaklada, FUNAI) sa sličnim funkcijama. Izvještaji pisaca, putnika, državnih službenika i etnologa ukazuju na naglašenu depopulaciju među Karajama od sedamnaestog do dvadesetog stoljeća.