Es probable que los primeros contactos de los karajá con la "civilización" se remonten a finales del siglo XVI y principios del XVII, cuando empezaron a llegar exploradores al valle de Araguaia-Tocantins. Venían de Sao Paulo por tierra o por los ríos de la cuenca del Parnaíba, en busca de esclavos indios y de oro. Cuando se descubrió oro en Goiás, hacia 1725, mineros de variosFue contra estos hombres que los indios tuvieron que luchar para defender su territorio, sus familias y su libertad. En 1774 se estableció un puesto militar para facilitar la navegación. Karajá y Javaé vivían en el puesto que se llamó la colonia Nova Beira. Posteriormente se fundaron otras colonias pero ninguna tuvo éxito. Los indios tuvieron que adaptarse a una nueva formade vida y estaban sujetos a diversas enfermedades contagiosas contra las que no tenían inmunidad y para las que no disponían de tratamiento.

Una nueva fase de colonización comenzó en Goiás cuando las minas de oro se agotaron hacia finales del siglo XVIII. Con la independencia brasileña, el gobierno se interesó más por preservar la unidad territorial de Goiás y reestructurar la economía. En 1863, Couto de Magalhães, gobernador de Goiás, descendió el río Araguaia. Pretendía desarrollar la navegación a vapor y promoverComo resultado de esta iniciativa, se fundaron nuevas aldeas y aumentó la navegación a vapor a lo largo del Araguaia. Sin embargo, sólo recientemente la región ha sido incorporada a la economía nacional. El Servicio de Protección al Indio (SPI) permitió a los ganaderos ocupar los campos que bordean el río, involucrando gradualmente a los Karajá, Javaé,Cuando el gobierno militar asumió el poder en 1964, la SPI dejó de existir y se creó la Fundação Nacional do Indio (FUNAI), con funciones similares. Los informes de escritores, viajeros, trabajadores del gobierno y de las organizaciones de la sociedad civil, así como los informes de los miembros de la SPI, fueron publicados en la revistaLos etnólogos indican una despoblación acentuada entre los karajá de los siglos XVII al XX.