სავარაუდოა, რომ კარაჯას პირველი კონტაქტები "ცივილიზაციასთან" თარიღდება მეთექვსმეტე საუკუნის დასასრულით და მეჩვიდმეტე საუკუნის დასაწყისით, როდესაც მკვლევარები დაიწყეს ჩამოსვლა არაგუაია-ტოკანტინსის ხეობაში. ისინი ჩამოვიდნენ სან პაულოდან ხმელეთით ან პარნაიბას აუზის მდინარეებით, ეძებდნენ ინდოელ მონებსა და ოქროს. როდესაც გოიასში 1725 წელს ოქრო აღმოაჩინეს, რამდენიმე რეგიონის მაღაროელები გაემართნენ იქ და დააარსეს სოფლები რეგიონში. სწორედ ამ კაცების წინააღმდეგ მოუწიათ ინდოელებს ბრძოლა თავიანთი ტერიტორიის, ოჯახებისა და თავისუფლების დასაცავად. 1774 წელს დაარსდა სამხედრო პოსტი ნავიგაციის გასაადვილებლად. კარაჯა და ჯავაე ცხოვრობდნენ იმ პოსტზე, რომელსაც ნოვა ბეირას კოლონია ერქვა. მოგვიანებით დაარსდა სხვა კოლონიები, მაგრამ არცერთი წარმატებული არ იყო. ინდიელებს უწევდათ ცხოვრების ახალ წესთან ადაპტაცია და ექვემდებარებოდნენ სხვადასხვა გადამდები დაავადებებს, რომლებზეც მათ არ ჰქონდათ იმუნიტეტი და არ ჰქონდათ მკურნალობა.

კოლონიზაციის ახალი ეტაპი დაიწყო გოიასში, როდესაც ოქროს მაღაროები ამოიწურა მეთვრამეტე საუკუნის ბოლოს. ბრაზილიის დამოუკიდებლობის გამო, მთავრობა უფრო მეტად დაინტერესდა გოიას ტერიტორიული ერთიანობის შენარჩუნებით და ეკონომიკის რესტრუქტურირებით. 1863 წელს გოიასის გუბერნატორი კოუტო დე მაგალჰაესი ჩამოვიდა რიო არაგუაიაში. მას განზრახული ჰქონდა ორთქლის ნავიგაციის განვითარება და მდინარის საზღვრის გასწვრივ მიწების კოლონიზაციის ხელშეწყობა. დაარსდა ახალი სოფლებიამ ინიციატივის შედეგად გაიზარდა ორთქლის ნავიგაცია არაგუაიას გასწვრივ. თუმცა, სულ ახლახანს რეგიონი ჩაერთო ეროვნულ ეკონომიკაში. ინდიელების დაცვის სამსახურმა (SPI) ნება დართო მესაქონლეებს დაეკავებინათ მდინარის მოსაზღვრე მინდვრები, თანდათანობით ჩაერთო კარაჯა, ჯავაე, ტაპირაპე და ავა (კანოეიროსი) ინდიელები და მათ ცხოვრებაში ბევრი ცვლილება გამოიწვია, როგორც ინდოეთის ტერიტორიები იყო. წვიმების დროს შემოიჭრნენ პირუტყვის ნახირები. როდესაც 1964 წელს სამხედრო მთავრობამ ძალაუფლება აიღო, SPI-მ არსებობა შეწყვიტა და შეიქმნა Fundação Nacional do Indio (ნაციონალური ინდოეთის ფონდი, FUNAI), მსგავსი ფუნქციებით. მწერლების, მოგზაურების, მთავრობის მუშაკებისა და ეთნოლოგების მოხსენებები მიუთითებს ყარაჯაში ხაზგასმული დეპოპულაციის შესახებ მეჩვიდმეტედან მეოცე საუკუნემდე.