Ймовірно, перші контакти караджа з "цивілізацією" датуються кінцем XVI - початком XVII століття, коли в долину Арагуая-Токантинс почали прибувати дослідники. Вони прибували з Сан-Паулу суходолом або річками басейну Парнаїба, шукаючи індіанських рабів і золото. Коли близько 1725 року в Гоясі було виявлено золото, шахтарі з кількохСаме проти цих людей індіанцям довелося боротися, захищаючи свою територію, сім'ї та свободу. 1774 року для полегшення навігації було засновано військовий пост. Караджа та Яве жили на цьому посту, який назвали колонією Нова Бейра. Пізніше були засновані інші колонії, але жодна з них не була успішною. Індіанцям довелося пристосовуватися до нового способу життя.Вони були схильні до різних інфекційних захворювань, до яких у них не було імунітету і від яких не було лікування.

Новий етап колонізації розпочався в Гоясі, коли золоті копальні вичерпалися наприкінці XVIII ст. Після здобуття Бразилією незалежності уряд став більш зацікавленим у збереженні територіальної єдності Гоясу та реструктуризації економіки. 1863 року губернатор Гоясу Куту де Магальяйнс спустився вниз Ріу-Арагуаї. Він мав намір розвивати парове судноплавство та сприяти розвиткуВ результаті цієї ініціативи були засновані нові села, а парове судноплавство по Арагуаї зросло. Однак лише нещодавно регіон був залучений до національної економіки. Служба захисту індіанців (SPI) дозволила скотарям зайняти поля, що прилягають до річки, поступово залучаючи до цього процесу Караджа, Явае,індіанців тапірапе та ава (канойрос) і спричинила значні зміни в їхньому житті, оскільки під час сезону дощів на індіанські території вторглися стада великої рогатої худоби. Коли до влади прийшов військовий уряд у 1964 році, SPI припинила своє існування, а натомість була створена Національна індіанська фундація (FUNAI) зі схожими функціями. Звіти письменників, мандрівників, державних службовців таЕтнологи вказують на посилену депопуляцію серед караджа з сімнадцятого по двадцяте століття.