It is wierskynlik dat de earste kontakten fan 'e Karajá mei "beskaving" datearje oan 'e ein fan 'e sechstjinde ieu en it begjin fan 'e santjinde, doe't ûntdekkingsreizgers begûnen te kommen yn 'e Araguaia-Tocantins-delling. Se kamen út Sao Paulo oer lân of troch de rivieren fan it Parnaíba Basin, op syk nei Yndiaanske slaven en goud. Doe't goud waard ûntdutsen yn Goiás om 1725 hinne, gongen mynwurkers út ferskate regio's dêr hinne en stiften doarpen yn 'e regio. It wie tsjin dizze manlju dat de Yndianen fjochtsje moasten om har grûngebiet, famyljes en frijheid te ferdigenjen. In militêre post waard oprjochte yn 1774 om de navigaasje te fasilitearjen. Karajá en Javaé wennen op de post dy't de Koloanje Nova Beira neamd waard. Oare koloanjes waarden letter stifte, mar gjinien wie suksesfol. De Yndianen moasten har oanpasse oan in nije wize fan libjen en wiene ûnderwurpen oan ferskate besmetlike sykten dêr't se gjin ymmuniteit foar hienen en dêr't se gjin behanneling foar hiene.

In nije faze fan kolonisaasje begûn yn Goiás doe't de goudminen oan 'e ein fan 'e achttjinde ieu útputten. Mei de Braziliaanske ûnôfhinklikens waard it regear mear ynteressearre yn it behâld fan de territoriale ienheid fan Goiás en it werstrukturearjen fan de ekonomy. Yn 1863 kaam de gûverneur fan Couto de Magalhães fan Goiás, del fan de Rio Araguaia. Hy wie fan doel om stoomnavigaasje te ûntwikkeljen en de kolonisaasje fan lannen oan 'e grins fan 'e rivier te befoarderjen. Nije doarpen waarden stifteas gefolch fan dit inisjatyf, en stoom navigaasje tanommen lâns de Araguaia. Mar koartlyn is de regio lykwols yn 'e nasjonale ekonomy lutsen. De Service of Protection to the Indians (SPI) liet feefokkers de fjilden besette dy't oan 'e rivier grinzgje, wêrby't stadichoan de Karajá, Javaé, Tapirapé en Avá (Canoeiros) Yndianen belutsen wiene en in protte feroaring yn har libben feroarsake, om't de Yndiaanske gebieten wiene ynfallen troch de fee keppels yn it reinseizoen. Doe't it militêre regear yn 1964 de macht oernaam, hold de SPI op te bestean, en waard de Fundação Nacional do Indio (National Indian Foundation, FUNAI) makke, mei ferlykbere funksjes. Ferslaggen fan skriuwers, reizgers, oerheidsmeiwurkers en etnologen jouwe oan op aksintuearre ûntfolking ûnder de Karajá fan 'e santjinde oant de tweintichste iuw.