Ehtimol, Karajaning "tsivilizatsiya" bilan birinchi aloqalari XVI asr oxiri va XVII asr boshlarida Araguaia-Tokantins vodiysiga tadqiqotchilar kela boshlagan paytga to'g'ri keladi. Ular San-Pauludan quruqlik yoki Parnaiba havzasi daryolari bo'ylab hind qullari va oltinlarini qidirib kelishgan. Taxminan 1725 yilda Goyasda oltin topilganda, bir necha mintaqalardan konchilar u erga borib, mintaqada qishloqlar tashkil etishdi. Bu odamlarga qarshi hindular o'z hududlarini, oilalarini va ozodligini himoya qilish uchun kurashishlari kerak edi. Navigatsiyani osonlashtirish uchun 1774 yilda harbiy post tashkil etilgan. Karaja va Javae Nova Beira koloniyasi deb nomlangan postda yashashgan. Keyinchalik boshqa koloniyalar tashkil etildi, ammo hech biri muvaffaqiyatli bo'lmadi. Hindlar yangi turmush tarziga moslashishga majbur bo'ldilar va ularda immunitetga ega bo'lmagan va davolab bo'lmaydigan turli yuqumli kasalliklarga duchor bo'lishdi.

XVIII asr oxirlarida oltin konlari tugab qolganda Goyasda mustamlakachilikning yangi bosqichi boshlandi. Braziliya mustaqillikka erishgach, hukumat Goiasning hududiy birligini saqlash va iqtisodiyotni qayta qurishdan ko'proq manfaatdor bo'ldi. 1863 yilda Couto de Magalhães Goias gubernatori, Rio Araguaiadan tushdi. U bug 'navigatsiyasini rivojlantirish va daryo chegarasi bo'ylab erlarni mustamlaka qilishni rag'batlantirish niyatida edi. Yangi qishloqlar barpo etildiushbu tashabbus natijasida Araguaia bo'ylab bug 'navigatsiyasi ortdi. Biroq, yaqinda mintaqa milliy iqtisodiyotga jalb qilindi. Hindlarni himoya qilish xizmati (SPI) chorvadorlarga daryoga chegaradosh dalalarni egallashga ruxsat berdi, asta-sekin Karaja, Javaé, Tapirapé va Ava (Kanoeyros) hindularini o'z ichiga oldi va ularning hayotida katta o'zgarishlarga olib keldi, chunki Hindiston hududlari bo'lgani kabi. yomg'irli mavsumda chorva mollari tomonidan bosib olingan. 1964 yilda harbiy hukumat hokimiyatni qo'lga kiritgach, SPI o'z faoliyatini to'xtatdi va shunga o'xshash funktsiyalarga ega Fundação Nacional do Indio (Milliy Hindiston jamg'armasi, FUNAI) tuzildi. Yozuvchilar, sayohatchilar, davlat xizmatchilari va etnologlarning hisobotlari XVII asrdan XX asrgacha Karajalar orasida aholi sonining keskin kamayganligini ko'rsatadi.