Ka të ngjarë që kontaktet e para të Karajave me "qytetërimin" datojnë në fund të shekullit të gjashtëmbëdhjetë dhe në fillim të shekullit të shtatëmbëdhjetë, kur eksploruesit filluan të mbërrinin në luginën Araguaia-Tocantins. Ata erdhën nga Sao Paulo nga toka ose nga lumenjtë e pellgut Parnaíba, duke kërkuar skllevër indianë dhe ar. Kur ari u zbulua në Goias rreth vitit 1725, minatorët nga disa rajone u drejtuan atje dhe themeluan fshatra në rajon. Pikërisht kundër këtyre njerëzve, indianëve iu desh të luftonin për të mbrojtur territorin, familjet dhe lirinë e tyre. Një post ushtarak u krijua në 1774 për të lehtësuar lundrimin. Karajá dhe Javaé jetonin në postin që quhej kolonia Nova Beira. Koloni të tjera u themeluan më vonë, por asnjë nuk pati sukses. Indianëve iu desh të përshtateshin me një mënyrë të re jetese dhe iu nënshtruan sëmundjeve të ndryshme ngjitëse ndaj të cilave nuk kishin imunitet dhe për të cilat nuk kishin trajtim.

Një fazë e re e kolonizimit filloi në Goias kur minierat e arit u shteruan nga fundi i shekullit të tetëmbëdhjetë. Me pavarësinë e Brazilit, qeveria u interesua më shumë për ruajtjen e unitetit territorial të Goias dhe ristrukturimin e ekonomisë. Në 1863, guvernatori Couto de Magalhães i Goias, zbriti në Rio Araguaia. Ai synonte të zhvillonte lundrimin me avull dhe të nxiste kolonizimin e tokave përgjatë kufirit të lumit. U themeluan fshatra të rinjsi rezultat i kësaj nisme, dhe lundrimi me avull u rrit përgjatë Araguaia. Megjithatë, vetëm kohët e fundit rajoni është tërhequr në ekonominë kombëtare. Shërbimi i Mbrojtjes së Indianëve (SPI) i lejoi blegtorët të pushtonin fushat që kufizojnë lumin, duke përfshirë gradualisht indianët Karajá, Javaé, Tapirapé dhe Avá (Canoeiros) dhe duke shkaktuar shumë ndryshime në jetën e tyre, siç ishin territoret indiane. pushtuar nga kopetë e bagëtive gjatë sezonit të shirave. Kur qeveria ushtarake mori pushtetin në 1964, SPI pushoi së ekzistuari dhe u krijua Fundação Nacional do Indio (Fondacioni Kombëtar Indian, FUNAI), me funksione të ngjashme. Raportet e shkrimtarëve, udhëtarëve, punonjësve të qeverisë dhe etnologëve tregojnë shpopullim të theksuar midis Karajáve nga shekulli i shtatëmbëdhjetë deri në shekullin e njëzetë.