Det er sandsynligt, at karajaernes første kontakter med "civilisationen" stammer fra slutningen af det 16. århundrede og begyndelsen af det 17. århundrede, da opdagelsesrejsende begyndte at ankomme til Araguaia-Tocantins-dalen. De kom fra Sao Paulo ad landvejen eller ad floderne i Parnaíba-bassinet på udkig efter indianske slaver og guld. Da der blev fundet guld i Goiás omkring 1725, ankom minearbejdere fra flereDet var mod disse mænd, at indianerne måtte kæmpe for at forsvare deres territorium, familier og frihed. En militærpost blev oprettet i 1774 for at lette navigationen. Karajá og Javaé boede på posten, der blev kaldt Nova Beira-kolonien. Andre kolonier blev grundlagt senere, men ingen var succesfulde. Indianerne måtte tilpasse sig en ny mådeDe var udsat for forskellige smitsomme sygdomme, som de ikke var immune over for, og som de ikke kunne behandles for.

En ny fase af koloniseringen begyndte i Goiás, da guldminerne var udtømte i slutningen af det 18. århundrede. Med Brasiliens uafhængighed blev regeringen mere interesseret i at bevare Goiás' territoriale enhed og omstrukturere økonomien. I 1863 kom Couto de Magalhães, guvernør i Goiás, ned ad Rio Araguaia. Han havde til hensigt at udvikle dampskibsfart og at fremmeNye landsbyer blev grundlagt som et resultat af dette initiativ, og dampskibsfarten tog til langs Araguaia. Det er dog først for nylig, at regionen er blevet inddraget i den nationale økonomi. Tjenesten for beskyttelse af indianerne (SPI) tillod kvægavlere at besætte markerne, der grænser op til floden, hvilket gradvist involverede Karajá, Javaé,Tapirapé og Avá (Canoeiros) indianere og forårsagede store forandringer i deres liv, da de indianske territorier blev invaderet af kvægflokke i regntiden. Da militærregeringen overtog magten i 1964, ophørte SPI med at eksistere, og Fundação Nacional do Indio (National Indian Foundation, FUNAI) blev oprettet med lignende funktioner. Rapporter fra forfattere, rejsende, regeringsarbejdere ogEtnologer peger på en øget affolkning blandt karajaerne fra det syttende til det tyvende århundrede.