Inawezekana kwamba mawasiliano ya kwanza ya Karajá na "ustaarabu" yalianzia mwisho wa karne ya kumi na sita na mwanzo wa kumi na saba, wakati wavumbuzi walianza kufika katika Bonde la Araguaia-Tocantins. Walitoka Sao Paulo kwa ardhi au kwenye mito ya Bonde la Parnaíba, wakitafuta watumwa wa Kihindi na dhahabu. Wakati dhahabu iligunduliwa huko Goiás karibu 1725, wachimbaji kutoka mikoa kadhaa walielekea huko na kuanzisha vijiji katika mkoa huo. Ilikuwa ni dhidi ya wanaume hao kwamba Wahindi walilazimika kupigana ili kulinda eneo lao, familia, na uhuru wao. Kituo cha kijeshi kilianzishwa mnamo 1774 ili kuwezesha urambazaji. Karajá na Javaé waliishi kwenye chapisho lililoitwa koloni la Nova Beira. Makoloni mengine yalianzishwa baadaye lakini hakuna iliyofanikiwa. Wahindi walipaswa kukabiliana na njia mpya ya maisha na walikuwa chini ya magonjwa mbalimbali ya kuambukiza ambayo hawakuwa na kinga na ambayo hawakuwa na matibabu.

Awamu mpya ya ukoloni ilianza huko Goiás wakati migodi ya dhahabu ilipochoka mwishoni mwa karne ya kumi na nane. Kwa uhuru wa Brazili, serikali ilipendezwa zaidi na kuhifadhi umoja wa eneo la Goiás na kurekebisha uchumi. Katika 1863 Couto de Magalhães gavana wa Goiás, alishuka Rio Araguaia. Alinuia kuendeleza urambazaji wa stima na kukuza ukoloni wa ardhi kwenye mpaka wa mto huo. Vijiji vipya vilianzishwakama matokeo ya mpango huu, na urambazaji wa mvuke uliongezeka kando ya Araguaia. Ni hivi majuzi tu ambapo eneo hili limevutiwa katika uchumi wa taifa, hata hivyo. Huduma ya Ulinzi kwa Wahindi (SPI) iliwaruhusu wafugaji kumiliki mashamba yanayopakana na mto huo, wakihusisha Wahindi wa Karajá, Javaé, Tapirapé, na Avá (Canoeiros) hatua kwa hatua na kusababisha mabadiliko mengi katika maisha yao, kama maeneo ya India yalivyokuwa. kuvamiwa na mifugo wakati wa masika. Wakati serikali ya kijeshi ilipochukua mamlaka mwaka wa 1964, SPI ilikoma kuwapo, na Fundação Nacional do Indio (Wakfu wa Kitaifa wa India, FUNAI) iliundwa, ikiwa na majukumu sawa. Ripoti za waandishi, wasafiri, wafanyakazi wa serikali, na wataalamu wa ethnolojia zinaonyesha kupungua kwa idadi ya watu kati ya Wakarajá kutoka karne ya kumi na saba hadi ya ishirini.