És probable que els primers contactes dels Karajá amb la "civilització" daten de finals del segle XVI i principis del XVII, quan els exploradors van començar a arribar a la Vall d'Araguaia-Tocantins. Venien de São Paulo per terra o pels rius de la conca del Parnaíba, buscant esclaus indis i or. Quan es va descobrir l'or a Goiás cap al 1725, els miners de diverses regions s'hi van dirigir i van fundar pobles a la regió. Va ser contra aquests homes que els indis van haver de lluitar per defensar el seu territori, les seves famílies i la seva llibertat. El 1774 es va establir un lloc militar per facilitar la navegació. Karajá i Javaé vivien al lloc que es deia colònia de Nova Beira. Més tard es van fundar altres colònies però cap va tenir èxit. Els indis es van haver d'adaptar a una nova forma de vida i estaven subjectes a diverses malalties contagioses a les quals no tenien immunitat i per a les quals no tenien tractament.

Una nova fase de colonització va començar a Goiás quan les mines d'or es van esgotar cap a finals del segle XVIII. Amb la independència del Brasil, el govern es va interessar més per preservar la unitat territorial de Goiás i reestructurar l'economia. El 1863 Couto de Magalhães, governador de Goiás, va baixar pel riu Araguaia. Tenia la intenció de desenvolupar la navegació a vapor i promoure la colonització de terres a la vora del riu. Es van fundar nous poblesfruit d'aquesta iniciativa, i la navegació de vapor va augmentar per l'Araguaia. Tanmateix, només recentment la regió s'ha incorporat a l'economia nacional. El Servei de Protecció als Indis (SPI) va permetre als ramaders ocupar els camps que voregen el riu, implicant progressivament els indis Karajá, Javaé, Tapirapé i Avá (Canoeiros) i provocant molts canvis en les seves vides, tal com eren els territoris indis. envaït pels ramats de bestiar durant l'època de pluges. Quan el govern militar va prendre el poder l'any 1964, l'SPI va deixar d'existir i es va crear la Fundação Nacional do Indio (Fundació Nacional de l'Índia, FUNAI), amb funcions similars. Els informes d'escriptors, viatgers, treballadors del govern i etnòlegs indiquen un despoblament accentuat entre els Karajá des dels segles XVII fins al XX.