Malamang na ang mga unang kontak ng Karajá na may "sibilisasyon" ay nagmula sa katapusan ng ikalabing-anim na siglo at simula ng ikalabinpito, nang magsimulang dumating ang mga explorer sa Araguaia-Tocantins Valley. Sila ay nagmula sa Sao Paulo sa pamamagitan ng lupa o sa tabi ng mga ilog ng Parnaíba Basin, naghahanap ng mga Indian na alipin at ginto. Nang matuklasan ang ginto sa Goiás noong mga 1725, ang mga minero mula sa ilang rehiyon ay nagtungo doon at nagtatag ng mga nayon sa rehiyon. Laban sa mga lalaking ito na kailangang lumaban ang mga Indian para ipagtanggol ang kanilang teritoryo, pamilya, at kalayaan. Ang isang post ng militar ay itinatag noong 1774 upang mapadali ang pag-navigate. Nanirahan sina Karajá at Javaé sa post na tinatawag na kolonya ng Nova Beira. Ang iba pang mga kolonya ay itinatag nang maglaon ngunit walang nagtagumpay. Kinailangan ng mga Indian na umangkop sa isang bagong paraan ng pamumuhay at napapailalim sa iba't ibang mga nakakahawang sakit na wala silang kaligtasan sa sakit at kung saan wala silang paggamot.

Nagsimula ang bagong yugto ng kolonisasyon sa Goiás nang maubos ang mga minahan ng ginto sa pagtatapos ng ikalabing walong siglo. Sa pagsasarili ng Brazil, naging mas interesado ang pamahalaan sa pagpapanatili ng pagkakaisa ng teritoryo ng Goiás at muling pagsasaayos ng ekonomiya. Noong 1863 si Couto de Magalhães na gobernador ng Goiás, ay bumaba sa Rio Araguaia. Nilalayon niyang bumuo ng steam navigation at isulong ang kolonisasyon ng mga lupain sa tabi ng hangganan ng ilog. Ang mga bagong nayon ay itinatagbilang resulta ng inisyatiba na ito, at tumaas ang steam navigation sa kahabaan ng Araguaia. Kamakailan lamang ay ang rehiyon ay nakuha sa pambansang ekonomiya, gayunpaman. Pinahintulutan ng Service of Protection to the Indians (SPI) ang mga nag-aalaga ng baka na sakupin ang mga bukirin na nasa hangganan ng ilog, na unti-unting kinasasangkutan ng mga Karajá, Javaé, Tapirapé, at Avá (Canoeiros) na mga Indian at nagdulot ng malaking pagbabago sa kanilang buhay, gaya ng mga teritoryo ng India. sinalakay ng mga bakahan sa panahon ng tag-ulan. Nang mamuno ang pamahalaang militar noong 1964, ang SPI ay tumigil sa pag-iral, at ang Fundação Nacional do Indio (National Indian Foundation, FUNAI) ay nilikha, na may katulad na mga tungkulin. Ang mga ulat ng mga manunulat, manlalakbay, manggagawa sa gobyerno, at etnologist ay nagpapahiwatig ng matinding pag-iwas sa mga Karajá mula ikalabimpito hanggang ikadalawampung siglo.