Ada kemungkinan bahwa kontak pertama Karajá dengan "peradaban" terjadi pada akhir abad ke-16 dan awal abad ke-17, ketika para penjelajah mulai berdatangan ke Lembah Araguaia-Tocantins. Mereka datang dari Sao Paulo melalui jalur darat atau sungai-sungai di Cekungan Parnaíba, mencari budak India dan emas. Ketika emas ditemukan di Goiás sekitar tahun 1725, para penambang dari berbagai daerahOrang-orang Indian harus berjuang untuk mempertahankan wilayah, keluarga, dan kebebasan mereka. Sebuah pos militer didirikan pada tahun 1774 untuk memudahkan navigasi. Karajá dan Javaé tinggal di pos tersebut yang disebut koloni Nova Beira. Koloni-koloni lain didirikan setelahnya, namun tidak ada yang berhasil. Orang-orang Indian harus beradaptasi dengan cara yang baru.hidup dan menjadi sasaran berbagai penyakit menular yang tidak memiliki kekebalan dan tidak ada pengobatannya.

Fase baru penjajahan dimulai di Goiás ketika tambang emas habis menjelang akhir abad ke-18. Dengan kemerdekaan Brasil, pemerintah menjadi lebih tertarik untuk melestarikan kesatuan teritorial Goiás dan merestrukturisasi ekonomi. Pada tahun 1863, Couto de Magalhães, gubernur Goiás, turun ke Rio Araguaia, dan berniat untuk mengembangkan navigasi uap dan mempromosikanDesa-desa baru didirikan sebagai hasil dari inisiatif ini, dan navigasi uap meningkat di sepanjang Araguaia. Namun, baru belakangan ini wilayah ini ditarik ke dalam perekonomian nasional. Dinas Perlindungan bagi Orang Indian (SPI) mengizinkan para peternak untuk menduduki ladang-ladang yang berbatasan dengan sungai, yang secara bertahap melibatkan Karajá, Javaé,Tapirapé, dan Avá (Canoeiros) Indian dan menyebabkan banyak perubahan dalam kehidupan mereka, karena wilayah-wilayah Indian diserbu oleh kawanan ternak selama musim hujan. Ketika pemerintah militer mengambil alih kekuasaan pada tahun 1964, SPI tidak lagi eksis, dan Fundação Nacional do Indio (Yayasan Nasional Indian, FUNAI) dibentuk, dengan fungsi yang sama. Laporan-laporan dari para penulis, pelancong, pekerja pemerintah, danPara ahli etnologi menunjukkan adanya depopulasi yang menonjol di antara suku Karajá dari abad ketujuh belas hingga abad kedua puluh.